协调，意指“使配合得适当”。高校弱势学科在在职硕士创新能力培养过程中，应主动与协同创新平台内的优势学科开展深度合作，利用协同创新环境与资源，加强各学科间的交流互动，达到资源优势互补的合作效果，从而提升弱势学科在职硕士的培养质量。协同创新在高校弱势学科在职硕士创新能力培养过程中的协调关系可以通过以下三个方面来体现:
(1)协调弱势学科与优势学科的交叉融合。弱势学科可以充分吸纳协同创新平台内优势学科的优质资源，并尽量转化为自身的教育资源，培育弱势学科新的生长点。
(2)协调导师互动。在协同创新平台内，高校弱势学科的导师与优势学科的导师可以互相交流学习，同时一还可以与协同创新平台内的企业、科研院所，甚至国际科研机构等专家学者一互动，选聘那些既对社会的重大技术需求颇有见地，有很强的解决实际问题的能力，又有较深理论学术功底的专家担任弱势学科的兼职在职硕士导师。高校弱势学科在职硕士培养可以实行双导师制，充分发挥校内导师与校外导师在理论研究、生产实践、成果推广等方面各自的优势。
(3)协调优质教育资源的配置。资源的医乏是弱势学科的特征之一，而教育资源的医乏不利于严谨的学术氛围的形成。高校弱势学科可以依托协同创新平台的优势教育资源，通过项目化合作的形式，给子弱势学科适当的资源倾斜，进而提升弱势学科的在职硕士教育质量。
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