由于素质教育不能被明确量化，从而导致素质教育在高校尤其是在职硕士的培养过程中广泛推广，并且目前在职硕士的素质教育也存在一定的问题。
1、忽视身体素质和心理素质的教育
目前，在高校的在职硕士素质教育过程中，为了给学生更人的自由来进行研究和学习知识，课程设置比较宽松，学生有了更多的自由时间可以支配，但是，学校往往忽视加强对在职硕士身体素质和心理素质的教育，让学生完全靠自觉和需要进行身体锻炼和提高心理素质，由于缺乏学校和教师的引导和督促，学生一旦遇到挫折，而又无法排解，就容易造成问题。这样，提高在职硕士的科技创新能力就无从谈起。
2、传统“应试教育”思想根深蒂固，制约素质教育的发展
虽然，目前国家人力提倡素质教育，但是，应试教育体制一时仍难以取消，并对素质教育的推广与发展产生一定的消极影响。当今社会需要有创新意识并具有一定专业技能高素质的人才，而传统的教育体制要求学生首先要通过各种考试，考试方式和内容范围是就成了人才发展的指挥棒。在职硕士入学考试也是这种体制下的产物，受这种体制的影响，在职硕士的素质发展必然要在考试前有所取舍。导致这种现象的根源，在于“应试教育”不利于素质教育的推进，但在实际操作中又很难一下子取消，两种教育体制的并存必然会造成制约素质教育发展的情况。
3、社会素质的教育较为片而
受传统应试教育的影响，高校对在职硕士的教育也是对学生的智力素质和文化素质比较重视，相比之下，对学生的思想和道德方而的素质方而重视不够，在职硕士过程中只开设专业课程和公共英语课程，却没有开设专门的思想道德修养课程，对学生的思想道德教育往往停留在比较浅的层次，认为在职硕士已经比较成熟，没有必要反复谈思想道德教育的问题，因此只是开会时强调下，而有的学校甚至完全忽略了思想道德教育。在这种体制下造就的在职硕士，一旦思想和道德失范，就会对社会造成危害。
4、部分教师缺乏对素质教育的深刻认识
教师是教育过程中最重要的组成部分，是知识的传播者，教师的脾气、性格、思想都会对学生产生非常人的影响，由于受传统“应试教育”的影响，许多教师仍对素质教育缺乏深刻的认识，在教育过程中往往只强调对学生学术方而的要求，认为素质教育就是学术上有所发展、有所创新，而忽略对学生其他素质发展的要求，同时，学生在其他素质的发展方而也往往缺乏专业的教师进行指导。
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