20世纪90年代以后，随着我国教育发展重点由单纯的数量增加向系统的整体优化与协调发展，学术界越来越关注在职硕士教育的结构问题，近年来，出现了许多关于在职硕士教育结构的论著，这些研究主要集中在在职硕士教育结构的分类、在职硕士教育结构存在的问题等方面。
关于在职硕士教育结构的分类，李煌果、王秀卿主编的《在职硕士教育概论》(北京:科学技术文献出版社，1991年)一书中将在职硕士教育结构的分类进行了详尽的论述，其认为在职硕士教育结构是在职硕士教育内部诸因素通过一定的关联方式和比例关系所构成的动态综合体，包括层次结构(在职硕士班在职硕士、硕士在职硕士、博士在职硕士及博士后)、招生类型结构(国家计划内非定向培养在职硕士、国家计划内定向培养在职硕士和国家计划外委托培养在职硕士)、培养规格结构(一般硕士在职硕士、工程型硕士在职硕士、临床医学硕士在职硕士、经济管理硕士在职硕士、文科应用型硕士在职硕士、论文博士在职硕士)、培养的形式结构(招生单位独立培养、招生单位联合培养、兼职导师指导培养、招生单位与国外有关机构联合培养等)。杨卫在《关于在职硕士教育的结构问题》(((中国培养有专门知识和技能的人才的教育》2005年第9期)一文中指出在职硕士教育结构是一个规模庞大、因素众多、目标多样、多层次、多维度的复杂的结构系统，包括类型结构、学科结构和管理结构。
关于在职硕士教育结构存在的问题，廖湘阳教授在《在职硕士教育发展战略研究》(北京:清华大学出版社，2006年)一书中，对我国在职硕士教育的学科结构、地区布局与层次结构、培养类型与层次结构进行了研究。他认为我国博士教育发展过快，硕士教育与博士教育发展不够协调，应淡化硕士学位的独立性，分层次、有侧重的培养从事原创性研究和从事应用性研究的人才。《中国学位与在职硕士教育信息分析报告》(北京:中国人民大学出版社，2009年)收集了自1996年至2006年10年间我国在职硕士教育的统计数据，通过中外数据的对比，对我国在职硕士教育发展的规模、速度、结构以及在职硕士培养成本等方面进行了深入探讨，分析了其中的问题，提出了一些对策建议。上述著作虽对在职硕士教育结构问题进行了较为系统的定量分析，但定性分析相对不足，未能够从社会政治、经济、文化发展的角度深入探讨我国在职硕士教育的结构问题。此外，许憬《论在职硕士教育的学科结构问题》(((高教研究》2006年8月上旬刊);乔东，王孙禺《我国在职硕士教育层次结构现状及问题分析》(((清华大学教育研究》2007年第28卷第2期);王根顺，包水梅《我国在职硕士教育科类结构优化研究》(((高教探索》2007年第1期);王根顺，包水梅《论我国在职硕士教育形式结构的发展与改革》(((高教研究》2007年第2期)等论文也论述了我国在职硕士教育结构的某个方面。在职硕士教育的层次、科类、形式结构交织在一起，共同影响着在职硕士教育结构的协调发展，如果只对在职硕士教育结构的某部分进行研究，难免“一叶障目，不见泰山。”
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