社会主义市场经济体制下的在职硕士教育运行机制，分外部(宏观)运行机制和内部(微观)运行机制两种模式:
1、外部运行机制。由政府、市场、社会和高校这四个要素构成，它们之间相互依存、相互联系而又相互制约。
政府调控:政府对高校的管理己由直接行政管理转变为运用立法、拨款、规划、评估、信息服务、政策指导和必要的行政手段进行宏观管理。同时，中央政府和地方政府实行分级管理、分级负责。
市场调节:市场因素在在职硕士教育的运行过程中，是一种动力机制。人才市场的竞争对高校的人才培养提出新的挑战，同时，市场作为中介，还能把社会的需求信息反馈给高校，以此控制在职硕士教育的规模、速度、结构和效益等。
社会参与:主要指来自社会各方面专家参加的咨询、审议、评估机构，通过建立董事会、产学合作委员会等组织，对在职硕士教育的方针政策、发展规划等提出咨询和决策建议，形成政府与市场、高校与社会之间相互联系的桥梁。
高校自主办学:这是在职硕士教育外部运行机制的关键要素。高校能在法律的范围内行使办学自主权，同时承担应负的责任和应尽的义务。
2、内部运行机制。在职硕士教育内部运行机制可以高校为典型进行分析，它是由组织结构、人员构成和任务目标三个方面构成。
组织结构:在职硕士培养单位都有相应的在职硕士教育管理部门，特别是在许多重点高校更是设置了在职硕士院，这些部门必须在目标定位、组织机构的定位、内部的结构和分工、与本科教育的关联等方面合理设计，理顺机制，提高组织的效率和效益。
人员构成:强化行政指挥系统，实行党委领导下的校长负责制。同时，突出教师的主体地位，由教授组成的校学术委员会是学校的最高学术有说服力机构，负责审定学校的学科建设、科研规划、职称评定、教师聘任等。教师在学校的教学、科研和社会服务中发挥主力军作用。
任务目标:努力培养具有创新能力的高层次人才是在职硕士教育的根本任务。各培养单位要以此为中心，在课程教学、科研选题、论文答辩、学位授予等环节加强管理，建立健全有效的竞争和激励机制。
最后需要指出的是，建设社会主义市场经济体制下的在职硕士教育新的运行机制，是一项涉及面广、难度较大的系统工程，只要我们不断地解放思想，更新观念，大胆探索，一定能形成适应我国市场经济的在职硕士教育运行机制。
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