目前，我国工程硕士创新及应用能力培养中存在的问题主要体现在校内环境的以下几个方而问题:
1、培养目标不清，实际培养过程被边缘化在理论学习上工程硕士强调实用性，工学硕士强调基础性、系统性;在培养方向上，工程硕士强调开展技术工作的能力和必要的管理能力及创新能力，工学硕士更强调研究能力。山于两类硕士生培养目标的定位有区别，对于他们的理论学习和论文工作就应该围绕培养目标制定不同的要求和评价标准。工学硕士论文在评审中一般要求对其论文的选题背景和意义，论文工作的创新性、论文工作反映的基础理论知识水平、论文写作水平等做出评价。工程硕士论文的评价也应根据工程硕士论文要求和培养目标制定出一套规范的、实事求是的、科学的评价方法。
但是，目前多数学校还是以培养研究型人才为主，工程硕士的招生规模与工学硕士的招生规模相比差距较大，重视不够，被边缘化。工程硕士与工学硕士培养过程和评价标准趋同，培养措施并不到位。课程设置不是按用人单位的实际需要设置;无论英语、数学还是专业课、选修课，老师的讲授内容脱离实际，不能很好地适应学生在工作岗位上的需要;学校对于工程硕士论文的评价仍把学术性作为质量评价的主要指标。
2、课程设置不甚合理
（1）课程结构不甚合理从笔者所在学校可以看出，在课程设置上，必修课和选修课的比例失衡，必修课的数量太多，选修课的数量偏少，是必修课学分的一半不到，学生选课余地不。选修课程所涉及的而不够宽，交叉学科、跨学科的课程少，不适应经济社会需要和工程硕士全而发展的需要，不利于应用型、创新型人才的培养。当前的工程硕士课程设置过于偏重工程科学与数学的分析，轻视了工程实践训练，实践类课程只占总课程的2/3。
（2）课程内容滞后于学科前沿发展工程硕士的课程内容反映不出学科领域内的一些最新知识和科研成果，尤其是一些专业学科领域的热点、重点，边缘学科和高新技术的研究和发展等都很少能够及时地反映到课程内容中，许多陈旧的课程没能及时更新或是淘汰，这样就导致了工程硕士的课程内容明显滞后于学科前沿的发展，满足不了经济社会快速发展对大量工程技术人才的需要。
（3）培养手段有待于加强，培养制度缺乏规范性人才培养制度是人才培养得以按规定实施的重要保障与基本前提，也是培养模式中最为活跃的一项内容，工程硕士的日常教学管理制度和双导师制的落实中存在不合理之处，导致工程硕士的学习时间难以保证;企业导师作用不能发挥;企业导师与学校导师不协调，企业导师对学校导师在教学上的女排与要求了解不多，不能深入参与教学工作，对学生的论文选题帮助不大。而学校导师则忙于自身教学，不能保证与企业导师及学生有充分的沟通、交流与讨论。
（4）培养评价机制缺乏科学性从入方而看，工程硕士研究生招生笔试中专业课的考核内容随意性较大，无论是试题的覆盖而、题型，还是难易程度，都缺乏标准性。而试环节，主观随意性较大，如而试的形式、内容，而试成绩的评判等方而，缺乏统一的评判标准。从过程评价看，工程硕士培养过程中存在对学员的课程考核不严现象，有些工程硕士与自己导师的年龄相差不多，有的甚至还要年长，有些工程硕士生的职位比导师还高，通常对这些学员高抬贵手，使其轻松过关，从而对工程硕士的培养质量造成不好的影响。从出日方而，答辩组不能客观评价论文质量的情况，一般是要求过低，即只要学生按照要求完成论文就行，最终的结果是只要参与答辩的都能通过。另外有时学校为了追求毕业率，也会变相降低论文标准，最终使其质量很难达到硕士的水平。
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