根据工程硕士研究生的特点，其课程设置应当是"加强基础，突出两翼(计算机和外语)，拓宽专业知识面，重视能力培养"。
工程硕士的课程结构采取基础模块加复合模块的模式，即以基础课和专业课构成基础模块(形成必修课)，以选修课群构成复合模块，这是培养应用型人才的重要手段。学生以学好基础模块为前提，在导师指导下根据自身的特长、兴趣、志向等选学有关复合模块课程，同时跨模块选修1-2门相邻学科的课程，这样既可形成较完整的知识结构，又能掌握适应不同职业岗位需求的专业知识。
基础模块包括:公共学位必修课、学科学位课、非学位必修课三部分。其中公共必修课包括马克思主义理论、外语、计算机应用技术和公共数学，此类课程强调基础知识;学科学位课程体现专业基础特点，加强本学科的理论基础;非学位必修课包括经营管理知识和文献阅读，属于拓宽知识面和为撰写论文做准备的课程。复合模块遵循多样性、灵活性原则，将选修课分成由多模块组成的课群，以便让从事不同工程工作的学生选修。
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