在课程设置方面，首先强调综合性、应用性和实用性，坚持"知识和能力并重"'宽口径、复合型"的原则，同时要结合工程硕士专业需要，结合地方产业特点，企业类别，因地制宜的设置一些符合地方发展需要的课程。在教学方面，要注重实际应用，同时要安排基础理论教学，多实际案例。在课程考核上，可以允许包括调研报告、科研报告、课程论文、工程设计等多种形式的研究，特别是结合本职工作的生产特点，能解决实际工程问题的研究。都可以作为课程考核的结果。
同时，要进一步优化课程结构，加大综合课程的比重，打破学科的边界，开设一些跨学科的课程。又要增加实践课程的比重，根据自身实际条件，注重问题转化能力，提高人才的科学研究水平。另外，又要适应学生的个性发展，要有效调动学习的积极性和主动性，使工程硕士具备宽广的专业视角，多开设一些跨学科的选修课程，适应多元化的个性发展，满足学生的发展需求。
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