工程硕士培养方案应主要由三大计划组成，即:(1)课程学习与课外自学计划;(2)能力培养计划;(3)学位论文研究指导计划。用系统工程理论方法设计工程硕士培养方案时，关键是对三大计划的合理设计与衔接。对三大计划的系统性设计及对培养方案的整体系统性设计的主要思路如下:
1、课程学习与课外自学计划系统性设计
课程学习是工程硕士人学后的第一个学习阶段，也是工程硕士接受相应学科的系统性知识培训，这一过程非常重要，就是要在有限的时间内学习足够的知识，打好理论基础，使工程硕士的理论分析能力、解决问题能力等各方面上一个新的台阶。课外自学是对课程学习的一个必要补充，而且课外自学也是在导师指导下的一种个性化很强的学习方式，这是针对工程硕士的本科专业基础和实际需求来制定的计划。课程学习计划制定的重点是导师根据工程硕士的特点来设计其选修课选择方案，在选修课程过程中要充分考虑学生的专业特长和弱点.以及需要弥补的专业知识等。
2、工程硕士能力培养计划系统性设计
能力培养是工程硕士人学后的第二个学习阶段，也是提高阶段，是将课程学习过程中所掌握的基础理论知识综合运用的过程，即在导师指导下进行科研工作能力培养、逻辑分析及综合能力培养、创新能力培养。在科研工作能力培养过程中进行硕士论文研究，同时结合本企业的实际进行技术改造，把大学里的导师带到企业里去，了解企业技术现状，对企业的技术难题，共同进行研究攻关，促进大学与企业合作;在逻辑分析及综合能力培养过程中，工程硕士研究生可将自己多年来在工作中积累的经验总结归纳成可发表的学术论文，同时也培养了课题研究及文献综合能力;在创新能力培养过程中，应结合企业具体情况注重培养工程硕士研究生解决实际问题的能力，并进一步提高理论及技术方法和创新能力。
3、硕士学位论文研究指导计划系统性设计
在这个过程中工程硕士研究生可根据本单位技术开发或设备改造项目等进行论文选题，在导师的指导下确定研究方向及研究内容，并对关键内容及创新性研究内容进行实验、仿真，真正达到解决实际问题的目的，最后归纳总结形成文字材料完成学位论文工作。
这三大计划完成的过程也是大学与企业了解沟通的过程，在这过程中学生学到了理论知识，提高了发现问题、提出问题和解决问题的能力。同时大学导师通过指导论文研究，与企业沟通，了解了企业的现状，可对企业的技术开发、设备改造作更进一步的深层跟踪与合作，或将大学的科技成果转化到企业促进企业技术进步。
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