工程硕士与工学硕士是处于同层次的两类学位，但两者有明显的区别。
侧重点不同工学硕士以研究和发现客观规律为主，强调学术研究，比较重视基础理论和专业课的设置，课程内容侧重理论，重视理论性和分析性;要求毕业生掌握本学科坚实的理论基础和系统的专门知识工程硕士是以应用已发现的客观规律于实际士作为主，强调专业实践，重在求实，们几重知识的应用性和实践性课程开设、课程内容侧重讲事实，强调专业实践，重在求实，强调实用性和综合性;要求毕业生既掌握本专业的基本理论和知识，又熟悉相关领域，还要了解人文科学知识，更强调在实践中学习。
论文选题和论文评价标准不同供于制定在职攻读工程硕士学位论文研究生培养方案的指导意见》中指出，工程硕工学位论文选题应直接来源于生产实践或具有明确的生产背景和应用价值，可以是个完整的工程技术项目答案设计或研究专题，也可以是某企业技术攻关、技术改造大项目中的项目，还可以是新产品、新士艺、新设各、新材料的研制和开发工程硕士论文可以按两种方式提交:是结合工程项目的研究论文;一是工程设计及其分析研究工程硕士论文的评价标准应是着重强调作者综合运用科学学术理论、方法和手段解决工程实际问题的能力，强调学位论文的技术难度、先进性和士作量此外，工程硕士专业学位是与工程领域任职资格相联系的专业性学位，其最大的特点是学位获得者并非从事学术研究，而是有明显的工程实践背景。
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