制度是开展各项工作的保证，工程硕士的培养单位各环节工作的开展，需要通过管理制度的健全来明确;各组织部门的任务、职责和权限，也需要通过管理制度的健全来明确按照全面、全过程的质量管理思路，在制度专业化方面，工程硕士培养管理必须从招生环节入手，着重规范教学管理环节，严格把关实践和论文环节，从“进口到出口”，全过程提升教育培养质量在教学环节中，需要制度来规范的包括教学管理的各个方面弹性的学分制、规范的日常管理、严格的考勤纪律、优越的学籍管理制度、完善的导师选拔制度等在毕业环节，通过制度来规范工程硕士的实践和论文环节，出台明确的质量标准和科学评价指标体系;通过制度来要求企业为工程硕士的实践教学环节提供场地、设备、人员配备等各项保障。
由于工程硕士培养的特殊性，以及校企联合培养、地域分布广泛、集中时间相对全日制硕士生少等特点，网络系统为工程硕士研究生提供的规范化管理和便捷服务就显得尤为突出将工程硕士研究生的入学登记、缴纳学费、学籍管理、成绩查询、信息通告、学期注册、资格认定、答辩申请等工作纳入教学信息，服务于管理网络系统，不仅为工程硕士提供了方便，也为工程硕士研究生的管理人员提供了更为便捷、系统的管理手段，开辟了更为高效的信息沟通渠道。
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