目前，我国正处于社会、经济的重大转型期，工程硕士研究生教育与国家经济建设及社会发展，特别是我国企业的发展与需求有着紧密的联系。因此，工程硕士研究生教育的人才培养、质量管理等方而都具有一系列新的特点并而临新的挑战。
首先，工程硕士的培养目标极大地增强了实践性与应用性要求。然而，高校的工程硕士研究生指导教师大多缺乏实践经验，缺乏对企业技术和管理的深刻理解，这就产生了工程硕士研究生教育系统的师生结构性缺陷，实现工程硕士的培养目标需要花很大气力。第一，工程硕士研究生教育需要有专门的有别于学术型研究生使用的新教材以体现工程应用性与实践性，但无论是这种教材的成熟度还是能编写这样教材的教师，目前都非常不足，这反映了工程硕士研究生教育系统中“软件”的缺失.在工程硕士教学中，确实存在着“课程设置整齐划一”与“学生个性化需求”之间的矛盾。“教材内容稍落后于生产实际，部分教材内容较陈旧影响教学效果。”
第三，工程硕士的培养希望培养单位与企业共同参与，如共同参与培养方案的制定，选派有经验的专家担任企业指导教师、学校在企业建立实训基地、企业为工程硕士提供实习条件等等，这表明工程硕士教育系统需要增加许多新的要素关联，这种关联需要稳定、有效的运转机制与可持续能力。这木身就是工程硕士研究生教育体系中校企合作的复杂事情。
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