据了解，将以相应学科的工学硕士为对照并以国务院学位委员会颁布的有关规定为基础来论述工程硕士研究生教育的特点。
服务对象不同：工学硕士毕业后主要去向为科研院所、高等院校、国有大中型企业，而工程硕士去向则明确规定为“工矿企业和工程建设部门，特别是国有大中型企业。
毕业后从事的工作不同：工学硕士毕业后主要从事科研、教育；工程硕士主要从事工程设计、新产品开发、新工艺新技术的开发应用。
由此决定二者在能力培养上的不同：工学硕士着重于探索和发现新现象新规律，并予以解释，创造新的理论，进行计算、推理和预测；而工程硕士则着重于在现有理论和规律的基础上，创造性地应用它们使其创造新的价值。
知识结构的要求在知识面要宽，专业基础要扎实，掌握现代实验技术，掌握好外语、计算机应用等方面都有要求，但二者仍有差别，以下例说明。对于一些基础理论如原子结构，工程硕士着重理解现存的已被广泛接受的最新理论并运用它来说明化学反应等现象的本质和规律即可；而对于工学硕士则不但如此，还一定要了解关于原子结构理论的创立过程中的各个细节，各个环节的实验方法，理论计算等的成功与失败(这一过程的描述常为很长的一个章节甚至一部专著!)以期指导自己下一步的工作。又如现代实验技术方面，工程硕士要求掌握现代工程测试技术，主要是对参数，性能的测试，而工学硕士则进而要求掌握发现现象和规律的测试和对它们作出解释的测试技术。
招收对象不同：工程硕士招收“获得学士学位后有三年以上工程实践经验的优秀在职人员”(本科毕业生入学读工程硕士专业学位者，研究生课程修完后须从事工程实践两至三年才能申请论文答辨)，在入学基础上与工学硕士不同，他们三年的工程实践在学习中具有很大的优势。他们已较好地消化、吸收了本科阶段所学的理论，是带着体会、问题和对新知识的渴望有的放矢地来开始他们的学习的，并已具有较强的自学能力，这一点是应届毕业生入学者所无可比拟的。
此外，关于论文选题直接来源于生产实际或有明确的生产背景；关于学校与企业合作培养，指导教师与企业有资格人员联合指导等规定使工程硕士的培养具有鲜明的特点。
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