要发展专业硕士教育，就必须保证专业硕士培养的质量与特色，这里有一个关键性的问题，就是把握培养目标定位。明确学科硕士与专业硕士的相同点与不同点，这两个问题不搞清楚就难免沿用旧学科硕士培养的旧模式，去培养新增设的专业硕士。这就难免走回头路，只是换了个名称而己。所以，这个问题首先是个认识问题，同时一也是个实践问题;认识上解决了，在培养模式、课程设置、实习实训安排、毕业设计、毕业去向等一系列问题，都应该体现培养目标定位，统一协调地办好专业硕士的培养教育。只有这样专业硕士培养才能路子越走越宽，才能成为硕士在职研究生教育的主流和支柱。
我国自1991年开始实行专业硕士学位制度以来，特别是2009年以来，专业硕士发展迅速，目前己经设置了39种专业硕士学位，其中侧重应用型人才培养的专业学位就有17种，包括工商管理、建筑学、法律、教育、体育、公共管理、公共卫生、军事、临床医学和工程硕士等。近几年根据经济社会发展的需求，侧重应用型的专业硕士培养，在金融、新闻传媒、医药、音乐、美术等领域发展很快。所以把握培养目标定位，调整培养模式，不但是必须的，而且具有相当的迫切性。
如前所述，我国在职研究生培养是两种类型、三个层次，在培养模式和培养目标定位上，有相同之处，也有不同之处。两大种类即，学术型学科硕士与应用型专业硕士;三个层次即学术型学科硕士是全日制，而应用型专业硕士则有两个层次，即全日制和非全日制。两大类型基本培养模式:学科硕士是教学+科研+科研学术论文;专业硕士是教学+科研+应用学术论文。可见这两种类型的硕士的共性，也就是作为在职研究生的质的规定性，即有学术要求。没有学术就无所谓在职研究生，无论学科硕士或专业硕士都是如此。这正是在职研究生发展的培养高层次专门人才的必然的要求和当然的条件。
两种类型的不同点，有以下五个方面:第一，是两种类型硕士的培养对学术的要求是不同的。学科在职研究生必须是学术型的，而专业在职研究生则是有学术性的。具体的要求就是学科研究型的硕士，必须具有扎实的理论基础和系统的专门知识，站在理论创新的前沿。而专业在职研究生必须把握与行业相关的理论基础和较宽少’-的专业知识，站在技术研发的前沿;第二，对毕业论文要求不同。学科在职研究生要完成科研学术论文。专业在职研究生要完成应用学术论文;第三，对业务能力要求不同。学科在职研究生要有科研能力，专业研究生要有应用能力;第四，工作去向不同。学科在职研究生毕业后原来主要去向是科研院所、大专院校，今后将逐步成为博士的生源基地。而专业硕士主要是去厂矿企业，尤其是国有大中型企业;第五，未来的工作岗位和职称不同。学科硕士在科研、教学岗位上主要是评研究员、教授，而专业硕士则是在生产和技术研发岗位上晋升工程师和总工。
应该指出，我国现在的全日制的专业硕士，从学科硕士教育中分设出来时一间还短，它承载着缓解本科毕业生就业压力的任务和向企业输送高层次应用型人才的任务。所以，全日制专业硕士的建设和改革，还有大量工作要做，要在这两类研究生教育的“有所不同”方面下功夫，使专业硕士教育脱离学科硕士教育的老路，走出一条专业硕士培养的新路来，并使之逐步成为在职研究生教育的主流。
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