实践能力培养是专业学位教育的一大难点。高校长期以来作为“求真”的场所，都是处于象牙塔的顶端，不为经济社会利益所左右，与之保持一定的距离，把学习科学知识、探究真理作为高校的主要任务。工程硕士实践能力培养是以行业为导向，把社会、企业纳入到整个培养过程中，这对高校来说是很大的挑战。高校现己普遍认识到自己的新的职责，校内积极建设实习实践基地，大力开展产学研合作教育，这些成为工程硕士实践能力培养的重要手段。但是工程硕士实践能力培养还未形成一个科学的、完善的体系，因此高校很难对这个培养过程进行组织管理、监督监控，培养质量很难得到保障。
1、以行业为导向，使社会、企业参与到整个培养过程中，这对高校传统的以学术学位在职研究生教育培养模式来说是很大的挑战
目前 工程硕士培养中存在的问题则为:培养目标上“高层次应用型人才”对工程硕士实践能力的较高要求，在招收对象上却与非 工程硕士招收的在职人员有很大差异，而是招收无任何社会经验的应届毕业生，培养形式为脱产 ，相比较联合培养、委托培养等形式，培养中缺乏实践锻炼，拉大了学生现实能力与培养目标能力要求的水平差距，对高校原有的以课程教学为主的培养模式提出了挑战。工程硕士实践能力培养是以行业为导向，把社会、企业纳入到整个培养过程中，这对高校来说是很大的挑战。
2、 工程硕士实践能力培养还未形成一个科学的、完善的体系，实践过程的监督和实践效果评价方式存在流于形式、不合理等问题
实践能力培养的最主要和重要的途径为专业实践， 工程硕士与工科本科生的培养目标有本质区别，因此对专业实践的要求也有很大的差异。本科生的专业实践时间要求要比硕士在职研究生短;专业实践目的，本科生更多是认知实习，学术学位在职研究生则主要为体验，而专业学位在职研究生则要求解决实际问题，并与学位标准和就业密切相关。本科生由于时间短，要求较低，己形成一个全过程管理的培养体系， 工程硕士实践能力培养却缺乏这样的体系，实践过程的监督和实践效果评价方式存在流于形式、不合理等问题。
3、高校现有的管理手段和方法不能满足 工程硕士校外实习实践
校外实习实践由于存在异地性，学习学生身份的特殊性，高校作为培养主体很难对这个培养过程进行组织管理、监督监控，企业又不具备培养人才的职能，运用原有的管理手段和方法，不能有效监管学生实习实践使其按照培养方案要求，因此培养质量难得到保障。
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