从调查数据看，在对工程硕士这种教育形式普遍认可的情况下，当前影响工程硕士培养质量的主要问题可概括为以下方面。
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(1)工学矛盾突出，学习时间紧张。工程硕士是在职教育，尽管按照培养方案规定，在学习期间必须有一定的时间集中到学校学习，但这显然与完成学业的要求还有差距，因此造成工程硕士生感到学习压力较大。
(2)课程设置不够合理。对于这个问题，可以有两种解释:一种是课程设置相对该领域工程硕士生的培养目标本身不够合理;另一种解释是在有的班级内工程硕士生来自不同的企业，来源相对分散，众口难调，课程设置不可能让所有人都满意。
(3)教学用书不适用。我国在职研究生教育中一直存在教材建设不足、教学用书内容陈旧的问题，这个问题在工程硕士教学用书方面更加突出。由于工程硕士专用教材少，不少教材都是借用工学硕士教材，所以就不可避免地存在理论性太强、脱离实际等现象。
(4)教学内容空洞、老化。我国过去一直侧重培养学术型人才，不少授课教师接触工程实际少，实际经验不够丰富，所以教学内容空洞，与工程实际不能很好地衔接;有的教师由于对新技术、新设备了解不够，存在授课内容老化现象。
(5)工程硕士生素质参差不齐。由于工程硕士生来自不同的企业和不同的工作岗位，工作年限也不同，素质参差不齐，所以在教学方面不可能照顾到所有学生的情况，因而有人认为课程内容太浅，有人认为太深。
(6)论文选题比较困难。工程硕士论文选题应直接来源于生产实际或者具有明确的生产背景和应用价值，并有一定的技术难度、先进性和工作量。但实际上，由于各种原因，要做到每一个工程硕士生的选题都符合这一要求是有困难的。
此外，还有管理、导师、学习动机等方面的问题，所以，调查结果基本验证了前面的假设。
针对上述问题，要保障与提高工程硕士培养质量，在现实的条件下，我们可以在以下几方面采取一些措施。
(1)学校与企业进一步协调，保证工程硕士生必要的学习时间。企业不应过于强调眼前工作的需要，要从人才培养的要求出发，为工程硕士生提供更多的学习时间。
(2)结合企业实际，改革课程教学。学校要与企业充分沟通，了解企业的需求，结合各领域工程硕士生的培养目标与企业的需求，优化课程结构。
(3)加强教材建设。鉴于工程硕士教育规模的迅速发展以及几年来工程硕士教育的实践，编写工程硕士专用教材的条件已经成熟，应发挥全国工程硕士教育指导委员会与各工程领域指导小组的作用，统筹规划，编写专用教材，同时特别要保证教材质量，应避免各培养单位各自为战、重复建设的现象。
(4)重视师资队伍建设。对工程硕士任课教师与导师的要求应有别于工学硕士教育，学校应选拔有工程实践经验、熟悉企业生产实际的教师担任授课教师与指导教师。
(5)办班形式上要有创新。各培养单位在办班时应考虑到生源的具体情况，争取做到在同一班级内生源来源、性质相对集中，尽量避免生源过分分散的局面，可以考虑在同一地区内各培养单位之间统筹规划，适度集中。
(6)做好论文选题工作。企业与学校双方导师应在选题问题上进行更多的沟通，学校导师应加强对选题的方法、技巧上的指导，企业导师应想方设法使工程硕士生的论文工作与企业的技术攻关改造项目或研究开发课题结合起来，这样也可以起到相互促进的作用。
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