对南京理工大学EMBA学位论文的类型和作用，一直存在争议，EMBA学位论文工作训练有利于EMBA学生综合利用已经学习的基本理论，提高发现问题、分析问题、解决问题的能力。有利于促进EMBA学生熟悉并掌握工商管理研究的基本方法，包括在调查研究中学习分析主要矛盾、抓关键因素；进行典型剖析、实证研究；运用数理统计手段，开展定量预测研究；从实际情况出发运用对比研究，在对比中提出对策等研究方法。

有人认为，EMBA学生不需要做学位论文。南京理工大学在制定EMBA学术论文的标准时，虽然考虑到了在职EMBA教育的实践性，以专题研究、调查研究报告、企业诊断报告、高质量的案例等方式为主，但较之国外的形式，还是有很大差别。

由此认为，对工商管理专业硕士的培养，南京理工大学EMBA除了教给学生管理学基本原理外，必须在大量的案例研究中，在与一群有着不同经验的学员的讨论中，在一定数量的小项目中，领悟和积累经验，提高学生的直觉判断、快速诊断和“开出恰当处方”的能力，而不是通过做学位论文来提高这种能力。

因此，值得南京理工大学EMBA思考和探索的问题是应该做什么类型的学位论文，才能正确引导EMBA毕业生通过学位论文的创作提高自身各方面的能力，从而充分发挥他们的聪明才智，做好适应社会的准备，实现其应有的价值。