学位论文管理理念，即培养单位的职能部门在对在职EMBA学位论文的质量进行管理过程中，对管理工作各个方面理性思考而形成的结论和观念。由此认为，南京理工大学EMBA项目的教育培养应结合自身的特点，确立以人为本的管理理念和以质量为中心的管理理念。

南京理工大学EMBA学位论文质量管理应当达到的管理目标首先是是保证和提高学位论文质量，包括两个方面。一方面是学位论文质量的保证，是指通过管理使学位论文符合质量标准的要求，即达到论文合格的标准，是以规定的质量标准进行衡量的。另一方面是学位论文质量的提高，是指通过管理使论文质量不断地超越原有的水平，不断达到新的高度。

南京理工大学EMBA学位论文质量管理过程，是一系列的决策过程以及参与管理的主体和管理的客体相互作用统一运动的过程，就是通过管理一步步接近并最终达到培养目标的过程。从控制论的观点看，学位论文质量管理过程就是对学位论文质量从输入到过程到输出阶段进行全过程的控制，分三段控制了。

培养阶段是提高学位论文质量的主要阶段和重要环节，对EMBA学员的培养实施以提高学位论文质量为目标的过程控制，是南京理工大学EMBA培养质量的重要保证。这一阶段的控制是以反馈控制为主要特征的，即对培养过程的各个主要环节设置相应的质量控制目标和监测点，减小或消除培养阶段各环节的质量控制偏差，最终达到学位论文质量控制的整体目标。