近年来，随着“国家双证在职研究生创新教育计划”的推行，学位工作虽然在不断地发展和完善，但己有的双证在职研究生学位制度在很多方面明显地与实际工作相脱节，严重地阻碍了创新教育计划的执行。
(1)立法中学位分类体系不完善。
我国现行学位制度中存在的一个重要问题就是学位分类体系不完善，尤其是职业定向的专业学位和研究定向的学术学位之间不分界限，从而在一定程度上造成了双证在职研究生目标和培养模式的混乱。
现行的《学位条例》中关于学位的分类只有三个等级，并无对学位本身进行更加细致的分类。这种分法对于专门培养学术研究型的双证在职研究生还比较适应，然而，当前培养的双证在职研究生毕业以后真正从事本专业学术研究的人聊聊无几，而大多数都走上技术工作，职业定向的专业学位和研究定向的学术学位的分离需求愈加明显。在这种情况下，原有的学位体系的弊端日渐突出:由于传统学位体系将两种学位混为一谈，没有突出各自的特色，课程设置和培养方式没有明显的差别，因此，双证在职研究生毕业后从事学术研究的往往发现学术研究能力训练不足，从事专业技术工作的实际工作能力又不强，导致人才培养的双向欠缺。要培养在职研究生的创新能力，既包括在学术研究上的创新也包括专业技术能力上的创新，如此分类不完善，概念模糊的学位分类体系势必要延缓创新人才培养目标的实现。
(2)学时制的固定性与创新人才培养的所应具有的灵活性相对立。
我国现行的双证在职研究生教育所使用的学时制，学习期限过于整齐统一，严重制约着不同专业学术人才创新能力培养的灵活性，降低了创新人才培养的效率，导致了部分专业双证在职研究生培养质量的下降。
我国现行的硕士双证在职研究生教育套用的是原有的学历制度的学时制，一般都是三年学习期限，只有在职学习等特殊情况方可延长一、两年。由于专业的差别，要达到在本专业具备一定的创新能力，不同专业的双证在职研究生所需要的学习期限不可能完全一致，这种僵硬的学时制明显制约了双证在职研究生创新能力的培养工作。一般来说，多数专业的硕士双证在职研究生在这三年里实际上接受的仍然是本专业的基础知识和基本技能的训练，课程教学仍是重点，科研能力和创新能力几乎没有得到提高。
（3)学位制度与学历制度的关系混乱.
学历制度是指学生在高等院校学习某一专业课程达到规定的时限且成绩合格，即准毕业，获得相应的学位证书。我国自建立学位制度以前，只实行学历制度，恢复学位制度后，已存的学历制度并未配合学位制度进行相应的改革，基本上仍按照原来的模式运行，学位只不过是学历制度中附加的另一种文凭，正规双证在职研究生毕业都要拿两张证书。
在双证在职研究生培养方面，由于我国学历制度实行的是学习期限制度，而学位制度则证明的是获得者的学术研究或专业创新能力的水准，而这种能力仅仅靠一定时间的课程学习是很难培训落来的，因此用学习期限作为标准来衡量其能力的提高是极不科学的·我国现行的双证在职研究生学位制度看似与学历制度相分离，即学习期满并不等于学习者就可以获得相应的学位，但是实际上绝大多数双证在职研究生毕业时均能拿到学位证书，导致了双证在职研究生教育过多地强调了学习期限，而忽视了不同专业学者科研创新能力的培养和提高。
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