1、教育管理体制不能完全适应在职MBA学位教育发展的需要
在职MBA进入中国在带来工商管理的课程的同时，也扮演着中国教育产业化的急先锋。在职MBA学位教育本身作为市场经济的产物，一定要面向市场。但我国目前的在职MBA学位教育却是面向政府的，保持了较浓的计划经济特色。首先，大部分院校的MBA项目隶属管理学院，要受方方面面的制约，不是独立的市场运作，导致效率的降低和创新的艰难。其次政府对在职MBA的评价取代了市场的评价。以2000年国务院学位委员会办公室对我国在职MBA项目进行合格评估所确立的标准看，反映市场化的评价标准在整个评价体系中没有得到体现。评价体系没有包括与市场密切相关的录取率、学生毕业后的年薪等市场化指标，而更多的是教学设施、师资队伍、教学管理、教学组织、教学效果和办学特色等指标。
2、缺乏大型的实习基地和系统的就业指导服务工作
在职MBA教育是应用教育，强调的是“动手”能力，在职MBA毕业生最突出的问题是眼高手低，大型实习基地的建设非常重要。目前比较有名气的院校还有实习基地而一般的院校在校企合作方面还很欠缺，企业对在职MBA了解还远远不够。建立良好的校企交流对在职MBA就业也有很大作用，对企业提供了人才后备库，是一件双赢的事。应该加强这方面的建设力度。
3、发展不平衡问题
由于历史、经济、环境、政策等方面的原因，我国培养有专门知识和技能的人才的教育发展严重失衡，在职MBA培养院校发展不平衡主要表现在两方面，一方面是东西部院校间在职MBA发展的不平衡，另一方面是重点院校与非重点院校间的MBA发展不平衡。
我国经济发展的不平衡，导致地理位置差异成为教育发展不平衡的非常重要的因素。由于我国西部地区以温带大陆性气候为主，气温的年、日较差都大，干旱缺水、风沙危害、土层痔薄，并不是非常的适合人类在该地域生活，生产以及其他人类活动。因此在该地域的人口数量不如东部地区多。沿海地区在经济交流上比深居内陆的西部地区有很大的优势。而且东部发达的经济也吸引了许多西部的人才。国家要西部大开发，需要人才提供智力支持，在职MBA毕业生是中坚力量，可东部考生不愿意报考西部在职MBA院校，西部考生也想走出西部，借此机会到东部发达地区读书，西部在职MBA院校尽管每年也招够了名额，可留在西部支持西部大开发的还是远远不够。
教育部重点院校与非重点院校发展的不平衡。重点院校有较多的经济和政策支持，社会对她的认可度比较高，毕业生就业较好，能吸引到足够多的考生，也比较容易选择优秀生源。
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