就目前新疆财经大学EMBA项目职能式组织结构来讲，基于新疆财经大学的在职EMBA项目职能的划分组织模式中，就存在的仅仅是狭义的项目管理，在处理职能部门内部核心业务时权力集中，效率极高。在项目轮换，人员使用，资源配置上有很大的灵活性。最大程度的保证项目的连续性，职能部门成员面对部门经理的直接监督和考核能发挥自身最大的潜能，但同时也有不少弊端。

一是当遭遇跨部门项目时，跨越部门的合作与交流困难，新疆财经大学EMBA项目组织及职能部门间会存在着较大的冲突，往往表现在资源竞争、目标期望等方面；二是项目缺少重点，而咋看新疆财经大学EMBA每个职能部门却有自己的核心常规业务。为了满足自身部门的基本需要而项目责任则相应的被忽视；三是项目参与者的主动性不强。他们的职业发展与提升只会与其职能部门核心业务相挂沟。项目对他们而言只是额外负担；四是责任不明确。在这种组织结构中，没有全权授权的项目经理，项目经理往往只是作为协调各职能部门经理的工作，导致常常会出现没人能承担项目的全部责任，最终将项目推向两难的境地。

综上所述，面对目前项目职能式组织结构的不足，新疆财经大学EMBA可优化项目管理方法，优化管理团队结构，并根据每个EMBA项目特点，建立临时项目工作组，达到合理和有效配备各种人力，物力和财力等资源，从而提高新疆财经大学EMBA项目组织结构。