培养模式中间题主要出现在产学研用结合和实践基地利用方面。归结起来就是实践的间题，实践形式简单、内容陈旧、重视程度不够、实践资源利用不充分等都是在职博士研究生培养过程中出现的间题。其次，博士生培养过程中，也应当及时更新教学内容，将最新的科研成果纳入教学中来，为教学注入新鲜的血液。
再次，应更充分利用在职博士研究生培养的“产学研”相结合的机制，以此来培养研究生的科研和实践能力以及在生产实践中发现间题、解决间题的能力。公司与科研机构的合作，一方面利于公司产品质量的提高、业务技术的升级和生产成本的降低，另一方面也有利于科研机构的科研立项、科研成果的检验、社会资源的充分利用，为科研机构的发展注入新的活力。校企双方在互利互惠的基础上开展广泛的合作是可行的。但是在实际运作中往往出现一些间题，比如企业技术保密，操作精度要求高，不便研究生实习等。
因此，校企双方应在互利互惠的基础上努力建立双方合作的长效机制，明确双方责任和利益，签订合法的项目经济技术合同，保护双方的知识产权，互相尊重科研成果的贡献。在这些基础上为在职博士研究生校企合作开辟新的更广阔的空间。
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