关于我国高校博士生创新能力的表现，不同学者从不同角度予以阐释。有学者通过选取与国外同类学科的博士学位论文进行对比后提出，“无论是选题的前沿性、内容的水准、写作水平还是论文整体质量，国内博士学位论文与国外同类专业的博士学位论文水平还有一定的差距。在论文的基础理论原创性、国际影响力、论文的深度和广度等方面，与国外同类大学相比差距更为明显，博士研究生学术创新能力明显不足。”笔者在某大学进行博士研究生创新能力的调查发现，72%的博士生导师认为博士生的创新能力“很一般”，认为“一般”和“较高”的分别是10%和18%。而博士研究生对这一问题的自我认识也非常不乐观，只有9%的博士生认为“较高”。有关学者从2006年起进行了三次较大规模的研究生特别是博士生教育质量调查，结果表明，无论是针对全国的调查，还是针对个别高校的调查，“我国研究生教育质量方面存在的首要问题是创新能力尤其是原创能力较差。其表现为：创新意识差、参与创新研究机会少、有影响的创新成果少。”
博士生创新能力不足是我国博士生教育诸多矛盾和制约因素的集中反映。总体上讲，博士生创新能力不足是内外因合力的结果。
1.从宏观的外部因素看。一是政策层面的影响。国家制定的各种教育政策、教育制度对博士研究生培养的模式、机制等方面有重要的决定作用，而学位与研究生制度、博士生招生制度和博士生教育质量保障体系都与博士生创新能力培养息息相关。二是经济层面的影响。研究生扩招后，国家对研究生教育的经费投入力度不能满足当前研究生教育需求。近年来，我国财政性教育经费占国家GDP的比例一直未达标，师资、经费、资料、设备等制约博士生创新能力的物质支撑条件日趋紧张。三是社会舆论的影响。研究生扩招使得人才市场的供需状况发生结构性变化，很多用人单位不愿意招收高学历的学生，认为很多博士动手能力差，眼高手低。
2.从博士生培养过程与管理等影响因素看。首先，博士生培养模式的影响。培养模式是指在课堂教学、科学研究、论文撰写及答辩、社会实践等环节采用的特定的培养方式的总和，一般分为学徒式、专业式和协作式三种。不同类型的培养模式对于博士生创新能力的培养具有不同层次的影响。其次，博士生培养管理环节的影响。博士研究生培养可以分为三个阶段：培养前期（课程学习阶段）、培养中期（中期研究报告及开题阶段）、培养后期（学位论文写作及答辩阶段），包括六个主要环节（个人培养计划的制定、开题报告、中期考核、课题检查评估、学位论文撰写学位论文答辩）。这些环节如果处理不好都会影响博士研究生创新能力的培养。
3.从微观的培养主体角度看。博士生教育过程中涉及到两个主体：博士生导师和博士生。博士生导师主导着研究生培养过程的主要环节，具有教育者和研究者的双重身份的角色。导师与博士生之间的关系，导师的学术水平、行为习惯和人格修养，直接影响和制约着博士生创新能力的培养。
从博士生自身来分析，一是学习动机是创新能力培养的重要因素。部分博士生学习动机外化倾向导致创新乏力，这表现在：有的学生认为学历越高就意味着自己的机会有可能比别人更多一些；有的学生因为自己本科或硕士阶段专业不如意，希望考博可以有一次重新选择的机会；还有部分在职人员因为不满现状，期望通过读博获得更好的工作环境。二是学习精力投入不足也是制约博士生创新能力的重要因素。此外，一些博士生疏于参加学术交流，在科学研究中存在简单移植、揭示表面现象、简单延伸和简单推理，倾向于“固定地看待事物”、“习惯走老路”、“过分信赖有说服力”、“过早下结论”、“阅读领域狭窄”和“害怕失败”等，这都会影响创新能力的培养。
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