在国务院学位委员会、省级学位委员会的指导下，各在职硕士培养单位成立了学位评定委员会。各级各类学校针对自身的情况已经采取一系列有效措施从学校内部保证在职硕士的培养质量。如厦门大学启动了“在职硕士培养质量程序化管理与信息保障系统工程”，采用现代化信息技术，改革传统的管理模式，实现在职硕士教育管理的数字化，促进了在职硕士培养质量的提高。
同济大学推出的在职硕士教育质量保证体系，将在职硕士培养过程的管理分为“教学过程管理”、“教育质量目标和管理职责”、“教育资源管理”以及“教育质量监控、分析和改进”四个方面，在此基础上又细分为22个一级项目、52个二级项目、139个质量要求和43个监督项目，旨在对在职硕士的培养实施全过程监控，提高培养质量。北京理工大学采取多样化的在职硕士培养模式，提高在职硕士科研创新能力。中国人民大学改革在职硕士培养机制，为使博士在职硕士拓宽学术视野、把握学科发展脉络、提高学术创新等能力，在全国率先建立了博士点学科专业主文献制度。
北京大学医学部关于“临床医学专业学位培养模式的改革与实践”，六年时间，建立了符合临床医学高层次人才培养规律的培养模式、配套的完整培养制度以及严格完善的质量监控和保障机制。
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