创建研究型大学必要条件之一扩大在职硕士招生规模，所以综合性大学中的农学学院的在职硕士招生规模也有了较快的发展，随着规模的不断扩大，在职硕士群体结构相对复杂，导致管理难度加大。作为综合性大学在职硕士中的特殊群体，农学学院在职硕士在生源、培养类别、年龄结构、入学动机和培养时间等许多方面与文、理、工、医科差异较大，主要出现了以下问题:
其一，入学生源情况有所不同，由于传统观念影响和我国本科教育相当专业化的体制，农科硕士生的生源主要来自农学类本科专业，非农类本科专业生源少;随着近几年国家和社会对农业的重视程度提高，也有工科或者文科的跨专业考生被招收。
其二，年龄结构偏向低龄化，由于就业形式严峻，加上农科学生就业率低，应届考生的比例越来越高，年龄越来越小。
其三，农学在职硕士在校学习时间较短，在野外、大田科研实验时间较长，专业学习一般是导师为辅、自学为主的方式，所以农科在职硕士的独立能力与动手能力强，但是生活、学习、科研及实践等活动相对分散。
其四，大部分在职硕士来自农村，有着作风淳朴，脚踏实地的优点，但是也存在知识面窄，目光短浅、思想落后的缺点。
其五，学生入学动机多样化，有喜爱农业专业的，有为避开就业难问题的，有为提高自身工作能力和素质的，有以此为跳板重新寻找工作的，也有为解决两地分居的。
其六，导师管理方式多样化，在职硕士一般在入校后各方面都是由各自的导师负责统管，有的对在职硕士事无巨细、关怀备至，有的强调自我约束和自我管理。
其七，学生培养类别繁多，随着招生类型的扩充，在职硕士类别除去硕士在职硕士和博士在职硕士，还包括直博生、硕博连读生、专业学位硕士(在职)、专业学位硕士(全日制)等类别。培养时间不尽相同，由于培养类别的不同，培养时间分为两年、三年、五年和五年以上的。
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