“在职硕士教育激励机制，是指在职硕士培养单位在准确了解和把握在职硕士需求的基础上，通过系统地设计适当的奖励方法，以一定的行为规范和措施，来激发、引导和规范在职硕士的行为，以有效地实现培养单位及在职硕士个人目标的系统活动和运作机制。科技激励制度是一种外在动因，激励在职硕士创造更多的智力成果，激发在职硕士的主动性和向上激情，提高在职硕士培养质量。现有在职硕士激励制度最具有份量的是全国百篇优秀博士论文的评选，基本的激励制度为在职硕士帮困助学机制和奖学金评定，这两种制度都有待完善，以提升在职硕士原创力。
教育部学位司和在职硕士教育发展中心自1999年开始，在全国开展百篇优秀博士论文评选，旨在加强高层次创造性人才的培养工作，鼓励创新精神，提高我国在职硕士教育特别是博士生教育的质量。另外，为鼓励、支持全国优秀博士学位论文作者在高等学校不断作出创造性成果，教育部还设立了“高等学校全国优秀博士学位论文作者专项基金”，对在中国内地高等学校工作的全国优秀博士学位论文作者给予5年的研究资金资助。不可否认，优博制度带来了很多达到国际同类学科先进水平、具有较好的社会效益或应用前景的突破性成果。但是这种制度的背后也有相当大的隐患，有人对优博制度提出了质疑，认为全国百篇优秀博士论文，基本上是学术有说服力争夺白热化的结果。获奖的翻来覆去都是某几所名校名导的博士，意义不大。且不论这种制度执行中的衍生弊端何其多，仅从制度设计来看，它注重的是结果的奖励，对科研过程，尤其是科研的原始创新点关注不够，不是从科研兴趣的角度去激励在职硕士创新，缺乏长效性、系统性的过程管理。
高校实行基本的国家助学**制度和在职硕士“三助”制度，使在职硕士能安心地完成学业。高校已经制定相应的政策来进一步完善国家助学**制度，为有困难的在职硕士提供学费**和生活费**。此外，高校还鼓励在职硕士通过参加学校的一些活动来获得报酬，补助在职硕士的生活。基本生活的保障无疑为在职硕士的科研工作提供了坚实的物质基础，使在职硕士能专心学习，不再四处兼职赚取生活费。但目前国家助学**机制的审批时间长、辐射面少，依然制约着在职硕士的基本生活保障;“三助”制度作为对它的补充，学校能提供的岗位有限，且报酬较低，使在职硕士受益面少，大有浪费学习时间的倾向。高校还应进一步完善奖学金评定办法，鼓励在职硕士发表优秀论文，以学习成绩为基础，优先考虑思想觉悟高、政治表现好、学生评价高的学生，让奖学金变成竞争激励机制，每年根据条件进行评选，获得奖学金的在职硕士只有一年的有效期，明年再根据各方面条件重新评定。这种动态的奖学金评定机制，是尊重人才、尊重知识、尊重劳动和尊重创造的体现，也是激励研究和创造更有价值的学术成果的主要措施。
除此而外，还应优化创新机制，设立在职硕士创新基金，鼓励在职硕士参加各种创新项目研究，资助具有较强科研创新能力的在读在职硕士。获得该基金资助的在职硕士，在符合基金的使用范围和资助限额内可自主支配使用基金经费，该经费只能用于加强在职硕士原创力的培养，促使在职硕士大胆进行创新研究、勇于探索学科领域的前沿问题和重要问题，在有科学根据的基础上对已有的知识体系进行理性质疑，创造有原始创新的科研成果。在充分学习好理论知识的同时，为了提高在职硕士处理实际问题的能力，高校还应该与社会上的企事业单位建立良好的合作关系，为在职硕士搭建科研实践平台。此外，在职硕士还应该在导师指导下，申请国家、省市级、学校科研项目，开展科学探索和研究，最终提升在职硕士自身的原创力。一言以蔽之，产、学、研相结合，积极申请研究项目。
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