为了鼓励在职硕士创作的积极性，发挥高校人才方面的优势，保护在职硕士的智力成果，在职硕士知识产权的保护工作迫在眉睫。保护在职硕士知识产权是尊重知识、尊重人才的重要体现。高等学校应将知识产权战略作为学校发展的重要战略，将知识产权工作纳入高等学校治理范畴，提高知识产权工作地位。在职硕士知识产权的保护有利于提升在职硕士原创力，维护在职硕士的公平竞争，在个人利益和社会利益的平衡中实现整个社会的科技进步、文化繁荣和经济发展。但我国目前在职硕士知识产权保护存在以下问题，有待于“对症下药”，积极改进。
一是增强知识产权保护意识。虽然知识产权保护制度在我国己经建立18年了，但从现状来看，高校知识产权保护意识仍然比较淡薄。主要体现在两个方面:教职员工和管理人员态度上的不重视，没有对在职硕士知识产权的保护做出应有的努力;在职硕士群体对自身智力成果的保护没有足够的认识，自我保护意识淡薄。知识产权法律意识涉及知识产权法律知识、观念、思想和心理等因素，它是知识产权立法和实施的必要的思想条件和心理条件。随着全社会法治意识的提升，高校应该加大对在职硕士知识产权保护的宣传和教育的力度。从管理层面、教职员工层面和在职硕士自身层面提高整体在职硕士对自身知识产权保护的意识。
二是建设在职硕士知识产权保护制度。目前，还没有专门针对在职硕士知识产权保护的法律法规，虽然教育部于1999年4月发布实施了《高等学校知识产权保护管理规定》，但是该规定中只有较少的条文对高校学生知识产权保护的内容和方法作出了确切的保护性的规定，其中第13条中对学位论文著作权归属问题进行了界定:“在高等学校学习、进修或者开展合作项目研究的学生、研究人员，在校期间参与导师承担的本校研究课题或者承担学校安排的任务所完成的发明创造及其他技术成果，除另有协议外，应当归高等学校享有或持有。”规定了学校对于发明创造等的拥有权，在第25条、第26条和第27条中作了涉及在职硕士的奖励的说明，·并没有专为在职硕士知识产权保护作出细则性的描述。在职硕士的智力成果属于高校，这对在职硕士原创力的激发无疑形成隐性的限制，而且，就大环境而言，我国知识产权保护形势严峻，没有完善的法制监督，没有详细的实施条例，如果不改变整个产业的环境和生态，不从制度设计上消除可乘之机，就无法做到对知识产权真正的保护。我国现有的知识产权法律体系有待完善，要进一步健全法律制定过程中的社会参与机制。作为与知识产权保护密切相关的在职硕士群体，国家司法机关应该为在职硕士知识产权的保护制定法律与法规，使得在职硕士知识产权保护有法可依。
三是建立在职硕士知识产权保护组织机构。我国高校并没有专门的行政机构对在职硕士的智力成果进行行之有效地管理，没有专门的机构或人员对在职硕士的知识产权进行评估，也没有对在职硕士知识产权的司法保护做宣传和教育。高校应该根据本校实际情况，设立专门管理在职硕士知识产权的行政机构，构建良好的知识产权管理体系，为在职硕士知识产权的保护创造良好氛围。高校还要建立在职硕士意见申诉程序，加大宣传力度，以增强在职硕士自身的知识产权保护意识。学校应加大对在职硕士知识产权保护的重视力度，重点支持知识产权保护相关专业的学习和研究的发展。作为在职硕士个人来讲，要树立知识产权保护意识。在日常学习中注重知识产权保护等相关法规的学习，在在职硕士研究成果出来以后，要及时地申报专利，保护自己的研究成果。尤其是在和企业合作以实现成果转化为产品的同时，更要保护自己的智力成果，实现产学研体系和知识产权保护体系更好的结合。
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