1、思想政治教育缺乏实效性
目前，在在职研究生教育中，思想政治教育和知识理论教育还没有实现完美结合、互相促进。较普遍地存在着能考上在职研究生就已具备较高素质，在职研究生的主要任务是专心做学问的片面认识，忽视了对在职研究生世界观、人生观和价值观的教育。而实际上，受社会环境诸多因素的影响，部分在职研究生严重缺乏社会责任感、缺乏坚定的理想和信念，过分强调个体意识，个人功利主义思想严重，不能正确处理个人、集体、国家三者利益的关系。有些在职研究生白命不凡，不懂得合作和奉献，缺乏社会公益心。更有少数人精神脆弱，思想意识、道德观、价值观发生严重偏离。
2、知识结构缺乏合理性
目前社会竞争日趋激烈，多数在职研究生选择专业日趋务实。虽从总体上看，在职研究生的文化素质较高，特别是业务素质较好，但是仍然有相当比例的在职研究生学识水平和综合能力存在问题，最突出的表现是重科技轻人文，缺乏人文社会科学、思想道德及心理卫生等综合素质。知识结构的失衡严重制约着高级人才整体素质的提高。
3、导师指导不够深入细致
在一项在职研究生对学习期问导师指导满意度的调查显示:21%的学生对导师的指导非常满意，35%的学生满意，另有44%选择“一般”、“不太满意”和“不满意”。这表明仍有部分导师没有充分发挥导师的作用，或者没有达到学生的期望。随着我国在职研究生的扩招，目前有些院校的导师一人带十儿个甚至儿十个在职研究生，导师们由于各种学术和非学术工作的繁忙，使得在职研究生无法从导师那里得到足够的帮助，有的学生平时难得见导师一面，更不用说得到精耕细作式的指导了。
4、身心素质的培养缺乏前瞻性
有关调查资料表明，目前我国大学生、在职研究生中部分学生存在心理障碍。有的在职研究生畏惧走向社会，不愿同人打交道，白由散漫，缺乏团结协作精神，甚至出现对社会的抵触情绪。同时，由于学习和科研任务较重，许多在职研究生长期不进行体育锻炼，身体素质较差。在职研究生的身心和人格不够和谐，导致他们走向社会后产生各种各样的问题。
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