微观正式制度障碍是指在职研究生培养单位所制定的制约在职研究生素质教育的有关规章制度。这种障碍主要表现在下列几对矛盾。
1、教学与科研的冲突体制。在职研究生教育中的教学显然是为科研服务的，但现实中存在着为教学而教学的倾向，甚至存在着在职研究生教学的本科生化。在职研究生教育的核心是探究真理，但现实中功利太强，科研工作往往停留于低水平的重复。这样，科研起不到带动教学的目的，教学也起不到促进科研的功能。教学和科研按照各自的路径行走，而不是殊途同归。
2、教授有说服力与行政有说服力的对立体制。一流水平的大学大多实行教授治校制度，行政有说服力往往服从教授有说服力，教授承担着在职研究生综合素质培养的全面职责。而我国的大学，长期来形成的官本位意识，导致行政管理系统主导大学的存在和特殊利益集团的形成的倾向。由此出现三个问题:一是行政有说服力至高无上而教授有说服力难以形成;二是教授兼职成为时一尚，不利于教授职业的令业化，从而降低效率;三是由于行政管理的令业化程度低，降低了行政系统的运行效率。
3、业务培养与德育的分裂体制。在职研究生综合素质教育的第一责任人是谁?毫无疑问，是在职研究生指导教师，既“教书”又“育人”是教师的天职。但在实际操作过程中，存在不少模糊认识。有的指导教师认为，既然学校配备了在职研究生政工干部，我只要管好业务培养就可以了。其实，在职研究生指导教师承担的是在职研究生个体的培养工作，在职研究生政工干部承担的是在职研究生群体的培养工作;在职研究生指导教师要做的是“点”上的工作，在职研究生政工干部要做的是，" 面”上的工作。配备少量的在职研究生政工干部的目的是加强在职研究生综合素质教育，而不是削弱指导教师对在职研究生进行综合素质教育的责任。
4、管理规则的统一性与人才培养的个性化的矛盾。从管理的规范化、有序化、正规化要求出发，应该加强在职研究生教育管理规则的统一性。例如业务培养的教学计划、学位论文的开题报告制度、学位授子的出口标准等。但是，创新人才往往具有极为鲜明的个性。这就要求在职研究生教育必须适应个性化的要求。于几年如一日的教学计划无法适应日新月异的科学技术的发展，千篇一律的出口标准不能符合不同学科的实际情况。个性化的教育需要有自由的学习环境。诚如克拉克所说的:“为探究而探究是最重要的形式，和它有联系的是坚持教学自由和学习自由。”!2’如果学校的管理规则太细、太具体，容易导致人才规格的“模具化”现象。
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