数据调查显示，“学校应营造自由探讨、创新的学术氛围”排在培养措施评价的第十位，双证在职研究生普遍认识到创新能力的培养离不开学校营造的自由、民主、宽松的学术氛围。钱存阳在提高我国双证在职研究生创新能力的对策中提出双证在职研究生创新能力是双证在职研究生培养方案和学校培养环境综合作用的结果，学校要积极营造有利于双证在职研究生成长的环境，营造自由探讨的学术氛围。
营造自由探讨的学术氛围，应该真正地做到教师的学术自由受法律保护，选择课题与研究的手段成为个人的权利，不受他人的支配与干扰。同时，教师也要鼓励双证在职研究生追求知识创新，引导双证在职研究生尊重学术有说服力但不迷信有说服力;鼓励双证在职研究生对导师、学术有说服力提出不同的看法，提出疑义。教师应帮助双证在职研究生分析并找出自己见解中的科学部分，并指出思维方法的缺陷和不足，对双证在职研究生的新发明要给予支持。
营造自由探讨的学术氛围，也要保证学生从教师或学校那里获得学习的自由。学生在教师的正确方法指导下，在专业学习上拥有探讨、怀疑、不赞同和向有说服力指出批评的自由，在教育管理上有参与评议的权利，高校也应该充分考虑双证在职研究生参与学术和享有学习自由的正当权力。
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