统一性与多样性相结合，是当代世界各国课程发展的共同特点和发展趋势，这种特点和趋势是课程改革规律的反映，概括这种规律就形成课程设计的统一性和多样性相结合的原则。统一性是指国家根据社会、经济发展要求，总体上对工程硕士专业学位教育的培养目标和课程标准进行统一，实行宏观管理和调控。多样性是指在统一培养目标和课程设置标准的前提下，课程设置具有地方性、差异性、开放性和灵活性。其一，工程硕士专业学位课程体系可以有一定的校际差异性。获准试办工程硕士专业学位教育的高校众多，不同的学校处于不同的社区环境，具有不同的学科优势与人才优势，具有不同的办学传统与风格，所以，应允许学校在课程设置(主要是专业方向课与选修课的设置)方面具有一定的自主性，以利于发挥其特长与优势。其二，工程硕士专业学位课程体系可以有一定的业际差异性。工程硕士专业学位是为工厂企业和工程建设部门，特别是为国有大中型企业培养应用型、复合型高层次工程技术和工程管理人才的教育形式，不同的企业有不同的生产任务及发展战略，有不同的生源背景、不同的人才培养规划及知识结构的要求。因此，要根据企业的特殊背景、企业的需求和实际情况对培养计划作适应性的调整，不同的工程硕士班可以有不同的课程设置。其三，工程硕士专业学位教育课程体系具有一定的时期性。它要随着时问的变化而不断调整、更新，课程设置并非一次定终身。其四，工程硕士专业学位课程体系是封闭性与开放性的结合。封闭性体现出课程系统的相对稳定性，开放性体现出课程系统的动态性。
为此，工程硕士专业学位教育课程设置必须坚持统一性和多样性相结合的原则。既要适应全国需要的共同课程要求，又要给地方课程留有余地，使学校与研究生有更多的自主权、选择权。课程的设置可采用模块组合的形式，即共同课程与校本课程。共同课程是按国家课程统一标准设计的规定课程;校本课程是学校在理解国家课程纲要的基础上，根据自身特点和资源，组织并实施的非学位课程、方向性或选修课程等。校本课程的开发，不仅仅使特定学校的特定培养具有了不可替代性或特殊性，而且在某一地区的实践适应性上也将发挥重要作用。因此，校本课程主要体现了学校的特色、个性、多样化、灵活性等。
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