我国在职硕士培养模式的课程设置中，必修课所占的比重大于选修课;专业基础课程的重视度欠缺，并且多数课程只是局限于自身的知识领域，内容跟不上知识的更新和时代的进步，这种不合理的课程构成和体系难以在实质上满足在职硕士的多样化发展需求，难以适应飞速发展的现代科学技术、市场经济和日趋多样化的社会分工对人才的综合素质的要求。
因此，在职硕士的课程设置要多样化。首先，在职硕士培养模式的课程设置要立足于在职硕士所学习的专业，考虑学科和社会经济发展的需求，一方面要加强相关领域间的知识联系，另一方面要促进学科间的内在联系，从而扩宽在职硕士培养模式中课程的基础和领域。其次，学校要充分利用一切教育资源，加重基础专业课程的比重，重视在职硕士的个体差异与要求，给他们提供广泛的选择课程的空间和充分的学术自由，从实质上实现“教育超市”，使在职硕士能够依据自身的兴趣与爱好，选择并学习符合自身的课程，从而开发自身多元化的潜能。第三，在职硕士各个学科课程的设置要以学科为中心，课程内容要及时更新调整，要灵敏、动态、开放地反映学科发展、科技进步以及学生个体发展的现实性和多元性，以学科发展的最新成果作为课程内容选择的重要参照，使得课程内容不仅要能够反映当前社会经济发展的需要和在职硕士个体的发展潜能，而且还能够着眼于未来社会经济和科学技术发展的趋向。
同时，由于教学对保障在职硕士的培养质量有至关重要的作用，现今我国的在职硕士教学中主要以大班上课的方式进行，而且授课所采取的方式也多是灌输式的，这严重影响了在职硕士个性化的发展，所以在职硕士培养的教学，要充分发挥在职硕士个体的主体性，抛弃众多人上课的大班形式，多采取小班式的方式，尽量开展一对一的交流，同时在在职硕士个体特色的基础上，改“注入式”的教授为“启发式”，以多样性、灵活性、综合性的教学方式为主导，充分启发在职硕士，鼓励他们进行讨论和独立的思考，同时给予他们发表观点的空间，从而真正实现教学的因人而异，促进在职硕士发展的多样化和个性化，以保证其质量。
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