(一)学校师资工程背景知识不足
工程硕士专业学位教育质量的保证，需要一支富有工程教育经验的师资队伍。但是我国现有的工程研究生教育与企业界联系尚不密切，绝大多数教师缺乏工程背景和企业工作经历，工程教育能力薄弱。长期以来，大多数工科院校采用研究型人才的培养模式，导致许多教师重理论、轻实践，专业面窄，知识单一，通用性差。一些教师尤其是许多青年教师，从学校到学校，他们的知识结构基本上是学术型的，形成长于理论研究而疏于工程实践的学术风格，缺乏工程实践背景经验，科研课题少。教师在教学过程中照搬工学硕士的教学内容或对工学硕士教学内容仅稍加修改，或者是在培养工学硕士的标准基础上稍微放低一点，就作为培养工程硕士的标准，而没有从工程硕士本身的特点出发，在课程教学、论文指导等方面采用适合他们的方式方法，从而使工程硕士的培养质量得不到保证。
(二)企业导师的培养与管理巫待加强
相对于高校依据完整的标准选拔校内导师而言，企业导师的选拔标准仍然比较模糊，尚无相对统一的标准，基本处于一种无要求的状态，或是仅有职称等简单标准要求。有些培养单位对企业导师的管理缺乏相应的制度和约束，无明确的聘请和遴选制度，制度建设上还是空白，导致企业导师在对工程硕士研究生的指导上存在挂名指导的现象，实质性的指导工作少，对学生论文撰写过程中涉及的工程试验和与应用相关的技术问题不能提供及时指导，在设备、经费、试验场所等方面支持程度不够。在指导过程中，由于有些企业导师长期从事工程技术研究，缺乏相应的培养有专门知识和技能的人才的教育教学理论知识，指导经验相对缺乏，需要接受相关的理论知识培训。
(三)双导师之问的联系不够密切
学校导师长期从事教学和科学研究工作，基础理论造诣较深，精通实验技术，善于观察分析问题;企业导师偏重实用，实际经验丰富，但研究能力偏弱，两者协调好是互补，协调不好就可能相轻，不利于对学生的指导。目前普遍存在的情况是，“双导师”制的实施只是在泛泛地强调双方合作，而两者之问在合作中的职责分工尚不明确，指导侧重点也不清晰。加上工程硕士在校时问较短，客观上影响了校内导师的及时指导，不利于工程硕士生学术水平的提高，而企业中有实践经验的导师很少深入到高校课程教学中，同样缺乏对学生有效指导的机会，双导师问尚未架构起一种真正可以交流互动的平台。此外，由于学校导师科研任务普遍较重，而企业导师一般都是企业的技术带头人，双方无暇加强联系，常常因工作繁忙而失去相互探讨的时机。
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