工程硕士教育制度保障的制度建设事关整个人才培养的质量，在此，必须充分发挥政府、学校、企业三方的作用，特别是要发挥政府的宏观指导、学校的中观引领和企业的微观操作，多措并举，多管齐下，发挥各自的力量，来有效建立工程硕士教育质量保障制度。
(一)整合资源，发挥政府宏观指导作用
目前，我国实施的工程硕士教育单位众多，大多都各自为政，整个人才培养还缺乏有效指导，资源利用率不高。这就要求政府要积极发挥自身优势，合理定位工程硕士教育的定位，进一步明确高校的职责，同时，要充分发挥市场作用，运用市场手段促进工程硕士教育的发展。另外，要整合各方资源，适当压缩规模，使教育资源相对集中。
(二)明确定位，发挥市场机制的作用
其实在整个工程硕士教育过程中，我们往往忽视了市场机制的作用，特别是忽视了社会中介组织的作用。社会中介组织有着很强的生命力，它机制灵活，不受条条框框约束，善于创新，善于改革。因此，政府应管理和培育相关的社会中介组织，应放松对工程硕士教育的管制，取消相关不合理的规定要求。从而有效发挥市场机制的作用，实现资源利用率的最大化。
(三)强化创新，发挥高校自身优势
在工程硕士教育培养过程中，高校优势明显，集中了大量的优质师资和教学资源，在此，要进一步强化创新，发挥高校的教育活力，在指导思想上，要坚持工程硕士培养的知识和能力并重，多案例教学，少推导，让学员可以真正解决实际生产过程中出现的问题，真正做到从做中学，学以致用。其次，教学方法上要多样化，安排现场教学，增强教学效果，考试内容更要注重在实践应用中对基础知识的理解和掌握，以及实际问题解决的能力。
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