师资队伍是专业硕士在职研究生培养质量的关键，专业型专业硕士在职研究生的指导老师包括校内导师和企业导师。由于专业硕士在职研究生和学术型专业硕士在职研究生的培养侧重点不同，目前一些学校虽然对工程硕士在职研究生制定了单独的培养方案，但在具体实施上并没有做到或者没有完全做到区别对待。
具体表现在:
(1)很多课程都是在同一个课堂进行教学，专门对专业硕士在职研究生的课堂工程教育不足;
(2)一些学校在专业型硕士生导师的遴选上流于形式，有些没有任何工程背景的学术型导师同时也是专业硕士在职研究生的指导导师;
(3)企业导师数量不够，名不符实。对企业导师来说，因为培养单位要求企业导师要具有高级职称，在企业里具有高级职称、既懂技术又懂专业硕士在职研究生培养的人员相对数量不多，而且这部分人员又都是企业技术的中坚，很难有充裕的时间来指导学生。
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