工程硕士的学位论文是工程硕士进行工程实践、综合运用理论知识解决工程技术难题的直接反映和关键环节，应该集中体现对学生理论知识和工程实践能力的综合培养。我们要求控制工程领域和计算机技术领域工程硕士论文应来源于企业的生产实际，要有明确、具体的生产背景、工程要求与应用价值，可以涉及生产过程控制、生产流程的检测和监控以及新工艺、新技术、新装置的开发、设计，甚至是生产优化管理、信息技术的应用等等。
为了帮助工程硕士生更好的完成论文研究，每位工程硕士生都配有2名导师。学校导师由具有丰富经验的高级职称教师担任，在培养过程中起主导作用，负责指导学生选课，与学生讨论论文实施的技术方案，士n导学生完成论文，对学生论文质量把关。企业导师由企业具有实践经验的具有高级职称的技术人员担任，一般由学生在本单位选择。特殊情况由学院根据学生的研究方向指派相关企业的导师。企业导师主要负责工程硕士生在学位论文选题与学位论文实践部分的指导，负责学生在工程实践活动中能力的培养。
为了保证工程硕士生的培养质量，学校、企业导师要经常交流情况，加强沟通，互相配合，共同制定培养方案。在论文选题的过程中要求学生结合企业的技术改造、科技发展规划选题，并尽可能将这此课题列为学校与企业共同开发的项目。这样，既解决了研究经费问题，又使学生获得实际的科研工作经验，同时也为企业培养了急需的人才。
实行学校、企业双导师制，也增强了学校与企业的合作，使学校的教师有更多的机会到生产第一线去，了解生产情况及企业要解决的实际问题，以便有针对性地开展科研。
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