工程硕士在职研究生的培养实行的是校内导师和聘任厂内高级技术人员为导师的双导师制。双导师制是工程硕士在职研究生区别与其他类型硕士培养的又一特点。
对导师的确定一般放在工程硕士在职研究生的论文选题工作开始之前，这样有利于发挥导师在选题中的作用，保证选题工作进度和质量。鉴于工程硕士在职研究生的论文研究要与企业的科研生产实际工作紧密结合，解决企业的实际问题，而厂内导师实践经验丰富，掌握企业科研、牛产实际情况，了解企业急需解决的问题，所以在确定论文选题、确定研究方向方面，厂内导师起着校方导师不可替代的作用。
在校内导师负责制的基础上，明确校内、厂内导师具体职责范围，是双导师制的核心内容，它可充分发挥校内导师的科研前瞻性和厂内导师生产实践经验丰富的优势，并且可确保论文选题的合理性、科学性和实用性。
在选题过程中导师的指导作用，有时甚至于起主导作用。导师应加强与学生的交流，充分听取学生的意见。注意从所学专业理论领域的历史现状和发展趋势，为学生提供借鉴和建议，提出适合企业技术发展需要的课题，供学生选择。和学生一起分析论文写作中可能遇到的困难，指导学生收集有关资料、文献，提出科学的写作方法。从而扩展学生的知识和思路。总之导师应通过与学生的交流，最终在选题上达成共识。
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