课程教学是全日制专业学位硕士研究生(以下简称全日制专硕)培养工作的重要环节，是实现培养目标的一个基础和载体。
1．课程设置“模板化”
目前，我国全日制专硕培养普遍采用按专业领域设置培养方案的模式，培养方案规定了该专业领域的课程设置和学分要求。课程设置中，必修课学分比例太高，选修课比重太小，这意味着一旦确定专业领域，所学的大多数课程就已经确定。以南京林业大学化学工程专业领域为例，该专业领域的课程划分为公共学位课、专业学位课、专业选修课三大类，公共学位课、专业学位课为必修课程；部分专业领域划分了不同方向，并制定相应的教学计划，这种方式相当于把一个模板又分成了多个小模版，对于学生个体而言，选修课自由度并没有增大，公共学位课和专业学位课仍然是固定的必修课程，仅专业学位课可供学生在一定范围内选择。
这种模板化课程设置方式导致学生无法根据自己的兴趣及职业发展需求自由选择课程，使得学生知识结构相似度过高，无法个性化培养，无法适应多样化的社会职业需求。
2．课程教学重理论轻实践
专业学位是以职业为导向，以培养应用型人才为目标的研究生教育，因此应从职业需求的角度出发设置课程，注重教学方法的应用性与实践性。但在实际培养中，由于专硕教育在我国刚刚起步，还处在摸索阶段，课程体系尚不成熟，并且教师队伍与学术型研究生(以下简称学硕)教育共用，长期的学术型研究生教育使他们短期内难以完全脱离学硕教育的影响，因此课程设置和教学方式往往沿袭学术型研究生教育。理论课程比重过大，实践应用性课程比重相对较小，教学方式单一刻板，仍然多采用“课堂讲课+课程考试”的方式。
这些是以学术为导向的产物，与专业学位的教育理念背道而驰，成为阻碍全日制专硕教育发展的瓶颈。
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