中美两国工程硕士教育的课程设置均脱胎于工学硕士教育，经过多年的发展，美国的高校已经摸索出了一套适合自身实际情况的课程计划，而我国的培养单位目前在课程设置方面很大程度上仍然延续着工学硕士教育的课程体系，课程设置存在着很大程度的不合理，与工程硕士教育的培养目标还存在着一定的差距。
1、美国高校工程硕士教育的课程设置、美国工程硕士教育的课程设置主要包括必修课和选修课，下文将以MIT的物流工程硕士教育的课程为例进行分析。
纵观MIT的课程体系可以看出，MIT的物流工程专业的课程设置有着这样几个特点:①课程结构设置合理，既有理论基础课程，如“物流系统”、“供应链环境分析”、“物流与供应链管理”、“制造系统与供应链设计”等，又有“物流与供应链管理案例研究”、“供应链计划编制”等以应用为导向的课程，还兼有一定数量的涵盖了管理学内容的课程，如“自我领导才能构建研讨”、“运作战略”等、②课程的设置与实际工作结合紧密、例如，必修课中设有“会计管理与控制”一门课程，该课程以学习管理会计学、与决策和组织控制相关的方法论为主要目标‘内容涵盖了产品定价、预算控制、业绩评估等方面。从表面上来看，该课程与物流工程技术并无太大关联，但从更深层次上去思考就会发现，作为物流业的高级工程人员在实际工作中必然要与则会金融等领域发生千丝万缕的联系，因此这门课程的设置具有较强的实际意义。③课程更强调学生的主动参与、例如，“物流系统”这门课程就要求学生根据所学的理论知识自己动手开发一个供应链内的智能决策框架。再如，在“竞争性决策制定与谈判”这门课中，学生将会加入不同的小组进行真实的谈判演练。
总的来说，MIT物流工程硕士教育的课程能很好地反映培养目标，即培养应用型、复合型工程技术和工程管理人才。课程的设置综合性强，不单单局限于物流工程的技术性领域，多数课程具有很强的应用性和操作性，能很好地培养学生的实际操作能力，特别是相当数量的管理类课程的引入，可为学生由工程技术专家向工程管理专家发展奠定坚实的基础。
2、我国培养单位工程硕士教育的课程设置、通过对上海交通大学物流工程硕士教育的课程设置(见表3)进行分析，可以发现几个特点:①课程设置注重基础知识。在所有的8门学位课程中，有4门(管理数学、自然辩证法概论、基础英语和专业英语)是基础知识的课程。②课程设置以基础理论为导向，突出课程的专业性与理论性。在专业课程(除4门基础知识课程以外的其余10门课程)的设置方面，仅开设有“技术经济分析”和“管理学”两门在表面看来与物流工程领域关系不大而又在实际工作中非常有用的课程，而这两门课程又均以基础理论知识为主要的授课内容。除此之外，其余的8门课程均属物流工程的范畴。由此可见，在上海交通大学物流工程硕士教育的课程体系中，是以基础性和专业性课程为主要导向的。
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