由于在职EMBA学位论文与普研学位论文的不同，哈尔滨工业大学EMBA论文的指导模式也就不同。其中存在两个重要问题，一是导师的问题，二是选题的问题。

在导师问题上，一个能够胜任指导EMBA论文的导师首先需要的是知识全面，要求掌握企业管理的很多相关理论、知识和方法；其次还要经验丰富，对企业的运作有深刻的了解，是一位“博导”。但这样的导师几乎不存在，绝大部分导师实际是“专导”，即他仅是某一领域的专家，他擅长在该领域对学生进行指导，而涉及到其他领域时，他可能力不从心。因此，在EMBA论文指导上就产生了学生与导师在知识上的宽与窄的矛盾。

这个矛盾同样出现在论文的选题上。选题正确是哈尔滨工业大学EMBA论文写作的关键一步，论文的成败与否，在很大程度上取决于题目的选择。很多EMBA学生都有一定时期的工作经验和社会阅历，他们想对原有的工作中曾遇到过的各式各样的管理问题进行反思，也想对未来的工作将遇到各种各样的管理问题进行思考，他们希望通过导师的指导，对自己的工作进行思考、总结和研究。由于他们选题涉及的面非常广，但一个导师能为这种选题提供支撑又是有限的，从而产生了学生与导师在选题上的宽与窄的矛盾。

解决这个问题的思路是：指导模式的创新！将原有的导师与学生“一对一”的传统指导模式进行创新，实现“组团式”论文指导模式。