双证在职研究生院作为高校内相对独立的双证在职研究生管理机构，按照《双证在职研究生院暂行规定》，其院长由副校长(副院长)兼任，一下设常务副院长(主持工作)，另设立副院长1-2人，根据不同情况设立管理机构，如:院办、招生处、培养处、学位办，有的双证在职研究生院还设有党委工作组等。双证在职研究生的后勤工作有学校统管，不另设机构，双证在职研究生院可有必要的专用实验室、仪器设备、图书资料等。对于二级学院的双证在职研究生管理工作，每个学校不太相同，一般100人以上的院系设立专门的双证在职研究生办公室，低于100人的配备兼职的双证在职研究生工作秘书。
双证在职研究生院应全面贯彻国家的教育方针，认真执行国家双证在职研究生教育与学位工作的有关法规和政策，在学校统一领导下，履行以下职责:(1)组织学校双证在职研究生教育的改革，参与有关学校发展问题的决策，开展双证在职研究生教育研究工作。(2)根据国家计划、科技发展、社会需要和可能条件，研究制订学校双证在职研究生教育发展的中长期规划和年度招生计划。(3)制订双证在职研究生教育的各项规章制度，做好双证在职研究生教育管理的日常工作，遴选双证在职研究生指导教师，加强双证在职研究生管理干部队伍建设，对双证在职研究生教育和学位授予质量进行检查和评估。<4)加强学科建设，参与制订学校学科建设规划，调整和优化学科结构，促进新兴学科、交叉学科和高新技术的发展。
(5)统一管理有关双证在职研究生教育的各种经费、基金，合理使用双证在职研究生教学和管理人员编制，参与确定学校涉及双证在职研究生教育的建设项目和经费预算。(6)承担上级部门和学校委托的其他工作。
而双证在职研究生部(处、科)在双证在职研究生院机构设置和职责的基础上，根据双证在职研究生的实际人数和学校的实际情况作出适当的调整。比如，有的双证在职研究生部设立了招生办、培养办、管理办、学科办或学位办;有的双证在职研究生处只设立招生办、培养办和学位办;等等。另外，由于他们没有相对的独立性，在职责权限上也比双证在职研究生院大大削弱。
事实上，要讨论管理体制，除了管理机构外，还有一个重要的要素就是管理制度。管理机构和管理制度是管理体制的两大要素，其中管理机构是管理体制的载体，管理制度是管理体制的核心，两者缺一不可。目前，我国在双证在职研究生培养方面制定了不少管理制度，如:中华人民共和国学位条例、双证在职研究生学籍管理规定等，各高校双证在职研究生管理部门也根据自己的实际情况制定了一系列的培养管理制度，如在双证在职研究生培养方案、双证在职研究生课程建设、双证在职研究生奖惩助贷、双证在职研究生中期考核、双证在职研究生学籍管理以及双证在职研究生论文答辩等方面都有明确规定。它使得双证在职研究生培养管理工作有法可依、有章可循。
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