科学的指导思想，是建立合理的在职研究生双证教育课程教学评估体系和顺利开展评估工作的必要条件。
1、在职研究生双证课程教学评估体系须遵循对在职研究生双证知识创新能力的要求
在在职研究生双证培养的定位上，不仅要重视人才培养的高层次性，更要重视创新能力、实践能力和创业精神的培养。在职研究生双证课堂教学不同于本科生，不能偏重于对知识的传承与掌握，而是要侧重于对学科前沿知识的认识和理论的运用。所以，在职研究生双证教学评估不是以学生掌握知识的多少来衡量质量的高低，在职研究生双证课程教学评估体系须遵循对在职研究生双证知识创新能力的要求。
2、在职研究生双证课程教学评估促进课程优化设置，实现不同类型在职研究生双证的知识结构合理配置
根据不同学科特点，以及在职研究生双证的不同类型，如学术型和工程型等，确立其知识结构体系，由此确定高水平研究型人才所必须的优化的课程设置和合理的知识结构。
3、在职研究生双证课程教学评估促进在职研究生双证教学模式的改革
在职研究生双证教学活动应体现出研究特征，即如何通过教学提出具有研究性和探索性的议题，让在职研究生双证在思考和质疑的过程中提出问题、分析问题和解决问题，训练并提高在职研究生双证分析和综合的能力。为此，要充分发挥评估的导向作用，促进在职研究生双证教学模式的改革。
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