我国贯通式在职博士研究生培养模式发展轨迹、著名高校贯通式在职博士研究生培养模式现状、相关调查问卷从宏观到微观，纵向到横向的全面分析，可知我国贯通式在职博士研究生培养模式已取得了重大的成绩，但也存在着一些不足。综合起来，贯通式在职博士研究生培养模式主要存在着贯通性不够、开放性不够、科学性不够的问题。

（1)贯通性不够

我国贯通式在职博士研究生培养模式的贯通性不够主要表现在四个方面:

第一，硕士生课程与在职博士研究生课程的贯通性不够。研究生课程把硕士生课程和在职博士研究生课程分裂开来独立设置，贯通式在职博士研究生的课程分别从硕士生课程、在职博士研究生课程中选择若干，这就使得贯通式在职博士研究生的课程没有必然的联系，出现了知识结构和逻辑的断裂，课程不贯通也就显而易见了。即使部分课程考虑了贯通，也仅仅是调整课程门数或者课时来实现，仍然处于贯通的初级阶段。

第二，科学研究的贯通性不够。一般情况下，贯通式在职博士研究生所从事的课题均是导师申请的，而导师申请时较少考虑到科研的持续性、连贯性，一般是有合适的课题就申请，尤其是横向课题。这样就造成了贯通式在职博士研究生有可能简单重复科研工作，所做课题可能和上一课题关系不大，不便于在已有的研究基础上更进一步，不利于科研的深入和贯通。调查中45.2的贯通式在职博士研究生学位论文与科研项目关系不大，课题与学位论文的贯通性不够也是科学研究贯通性不够的重要表现。

第三，课程学习与科学研究的不贯通。贯通式在职博士研究生培养过程中，课程学习和科学研究、学位论文是分阶段进行，即先学习课程，而后进入科学研究过程。把课程教学与科研截然分开，没有真正体现教学与研究相结合的思想，没有考虑课程和研究两者在学科体系上的过渡和衔接问题。容易造成学生为完成课程要求和学分而学习，而与科研没有关系，而等到科研需要相关知识时又要白学课程内容。学非所用、用非所学的窘况实质上是课程学习与科学研究不贯通造成的。

第四，学位层次的贯通性不够。贯通式在职博士研究生培养模式已经做到了从硕士生到在职博士研究生的贯通，即从硕士生阶段可以通过硕博连读或者提前攻博方式进入在职博士研究生阶段，而从在职博士研究生阶段转为硕士生阶段则没有那么方便。一般各高校不允许贯通式在职博士研究生转为硕士生进行培养，尤其是直接攻博在职博士研究生。调查中55. 7%的贯通式在职博士研究生认为若不能完成博士学业，也不能转为硕士生培养使他们具有很大的压力，说明贯通式在职博士研究生十分渴望学位层次的互通。

(2)开放性不够

我国贯通式在职博士研究生培养模式的开放性不够主要表现在四个方面:

第一，贯通式在职博士研究生的生源来源较单一。提前攻博、硕博连读在职博士研究生只能从本单位选拔，还不能招收外单位的学生。采取直接攻博的单位大部分都不能对外招生，少数可以对外招生的单位中，本单位生源也占有较大的比重。贯通式在职博士研究生生源的不开放，容易造成生源的同质性以及近亲繁殖。

第二，单一导师制是主要的导师指导方式。调查中67%的贯通式在职博士研究生采用单一导师的指导方式，单一导师制已成为制约贯通式在职博士研究生培养的一个严重问题。单一导师无法克服白己在知识结构、时问安排、科研课题等方面的限制，已不能适应当前科学技术多学科交义融合发展的趋势，尤其是跨学科的研究，单个老师无力具体指导。单一导师指导研究生人数在逐年增加，并且导师一般工作繁忙，对每个在职博士研究生根本不能进行具体指导，心有余而力不足，只能让在职博士研究生处于“放羊”状态。贯通式在职博士研究生一般都要攻读5年，若5年都在一个导师的指导下，更容易陈旧保守、固步白封。

第三，课程体系相对封闭。贯通式在职博士研究生课程体系比较僵化，过于强调统一，灵活不足。选修课可选择的范围不够广泛，学生选择课程一般局限在本系二级学科的框架内，很少有机会参加其它系或其它学院的课程，参加其它学校的课程更是儿乎不可能。课程体系与外界分离，致使教学活动与实践脱节，与国际科研前沿脱节，不能及时吐故纳新。课程体系的不开放，束缚了学生的视野。

第四，较少的学术活动和学术交流。调查中73. 9%的贯通式在职博士研究生没有较多的机会参加学术会议，与同行的学术交流也不多。学术交流的不畅通，极大地抑制了在职博士研究生的创造能力。在职博士研究生减少了与同行沟通和交流的机会，局限于固定的学科圈了注定走不出来，不可能有什么大的发明和创造。缺乏交流平台，易产生思想僵化、孤陋寡闻、夜郎白大等弊端，并且可能产生心理问题。

（3)科学性不够

我国贯通式在职博士研究生培养模式的科学性不够主要表现在五个方面:第一，选拔人才的科学性不够。目前的选拔方式主要集中在考查考生已经具有的知识，而较少关注如何考查考生的科研潜能和综合素质。选拔方式未考虑选拔对象(本科生或在读硕士生)的特点，针对性差，选拔方式较为单一。招生全过程缺乏科学的理论指导，招生方式尚不能完全适应选拔人才的需要。

第二，贯通式在职博士研究生课程尚未突破本科阶段的梗桔。过分注重课程内容的稳定性和知识的积累性，把教学过程理解为知识的传授过程，把课堂讲授作为主要授课方式。课程体系前沿性、国际性不足，课程学习没有压力。这在一定程度上导致了在职博士研究生知识面相对狭窄，创新能力、实践能力都落后于时代要求。

第三，贯通式在职博士研究生的科研状况有待改善。贯通式在职博士研究生本来应该具有在校时问长科研持久深入的优势，但由于较多的学生参与的科研项目等级不高(调查中42%的贯通式在职博士研究生参与的科研项目不高)，参与国家级的科研项目(如白然科学基金项目、社会科学基金项目)太少，科研能力和创新能力受到极大限制，其优势并没有得到充分发挥。在职博士研究生习惯满足于简单的跟踪和模仿，忽视基础研究，轻视长期积累，从而造成科研实践缺乏、科学理论和方法都缺乏良好训练等弊病。

第四，导师指导不到位。部分导师缺乏培养在职博士研究生创新能力的合适课题，部分导师仅把学生当作低级劳动力使唤。导师指导频率较低，与学生交流的机会偏少，缺乏对学生的个性化指导。个别导师缺乏培养人才的使命感和责任感，个别导师缺乏师能和师德的统一，在职博士研究生缺乏导师有效指导和人文关怀。

第五，部分培养环节执行不力。在贯通式在职博士研究生培养过程中缺乏严格的把关，部分质量监控的环节执行不到位，淘汰率较低，学生学习的积极性受到挫折和压制。课程考核、综合考试、论文中期考核、论文评审和答辩等环节，流于形式，学生录取后基本上都能如愿获得博士学位，宽出的弊端仍然存在。