相比于理工技术类在职博士而言，文科在职博士面临着更大的挑战。一是从论文发表看，理工科在职博士有实验室、配套仪器设施的硬件条件，一般能够将一手数据通过数字线条和图形整理成科研成果，而一些文科在职博士特别是人文社科、哲学、思政类学科的纯理论学科的在职博士，多是通过学理论证，创新难度要大一些。二是文科在职博士不被企业、科研院所青睐，因为社会上盛行“文科无用论”观念，那么相比于工科在职博士能够与企业合作实施一些显形度较高的项目，我国文科在职博士的理论架构相对空洞，实际应用性差。
有一种流行说法:社会上有三种人，他们是男人、女人和女在职博士。由这样的论调使得问题“可见一斑”，除了在职博士群体正常面临的挑战外，婚姻问题是独立于男在职博士之外仅存于女在职博士的一个特殊问题，多项调查表明:相当一大部分未婚男性承认如果配偶的学历高于自己会让自己感到压力，并且会有抵触情绪。这说明“女在职博士”已经作为一种特殊烙印记刻在该群体身上，让她们在面临科研、毕业、就业困境的同时还需要承担一份独特的压力。
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