课程教学是专业在职博士研究生教育的重要组成部分。课程内容明确指向专业实践，实践领域问题常常要求运用跨学科的知识、方法来处理，因此，课程内容不仅注重学术知识，更强调技能知识、跨学科知识和批评性知识，是学术知识与工作单位专业实践知识的交叉与整合。课程结构不追求理论知识体系的完整性，多数都按模块化来设置，尽管分类方法多样，但一般可以分为核心课程模块、研究方法课程模块、选修课程模块、前沿问题研讨课程模块等，核心课程和研究方法课程都是必修课，而选修课程则会考虑到不同的专业方向的具体要求。
教学方法通过设置问题解决情景，采用案例研讨、情景模拟、田野教学等教学方法，把工作场所、知识生产和专业提高结合起来，使在职博士学生在“做”中达到“学”的目的，在研究中实现知识的整合，在探索中促进知识与能力的发展。采用学术型与专业型教师合作的制度是保证学术性与实践性相结合的有效方法，理论研究性课程由学术型教师担任，而应用实践性课程由具有实践经验的专家担任。
需要指出的是，研究方法是专业人员开展应用研究的武器，科学的研究方法可以提高研究的信度和效度，因而，研究方法的训练应成为专业在职博士培养的重要组成部分。根据专业在职博士研究问题的特点，它主要应包括研究设计与陈述、问卷与访谈、数据统计与分析、模型建构与验证分析、多学科研究方法的综合运用等。一位经验丰富的教育在职博士项目评估者曾发表评论说，学生失败的最主要原因是在研究方法方而准备得不充分。
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