在职研究生课程建设与课程教学中的问题氏期以来一直存在，只不过现阶段尤为突出。问题产生的原因是多方面的。
1、通过分析上述的在职研究生教育忽视基础课程，而过于重视在职研究生教育的专业化和对口性问题，可知传统的教学方式限制了在职研究生课程建设的合理性当前我国的教学方式普遍采取填鸭式的方式，老师在课堂上教授知识，学生被动接受学生的主动性根本没有调动起来，而且老师的教学注重知识，而忽视了方法这样极大的限制了学生主动思考和创新的能力，抑制了学生的创造思维的发散。
2、高校自身管理模式存在不足，在职研究生的课程建设过分注重科研，而忽视了教学课程的安排部分高校为了提高在职研究生的科研能力和水平以及提高学校自身的科研高度，有着要求在职研究生必须在科研刊物或网站上刊登规定数量的科研论文的硬性规定这种规定，虽然能够在一定程度上提高学生的科研积极性和科研科研能力，但是，若是氏此以往，学生必然要花费很大的心神在科研方面，从而忽视了对专业课程和知识的学习另外，学校若是过于重视科研方面的成效，也会在学生的课程建设上心有余而力不足所以，必须重视这个问题，并积极改进，将科研和课程建设双向进行，不能过于偏向一方。
3、当前我国具有相应资格的在职研究生教师严重不足，这极大的影响了在职研究生课程的建设进度随着我国高校和在职研究生数量的增加，所需的资格教师数量也随之增加，这就导致了我国教师资源的供不应求尤其是在内地等部分地卜_，山于地理环境、经济水平和教师待遇不如沿海地区，造成了许多内地教师资源的流失，所以内地许多高校的部分课程严重缺乏任课老师，甚至出现课程关闭的现象许多高校采取降低聘用教师门槛或者将在职研究生集中教学的方式来环节教师缺乏的情况这样做虽然一定程度上解决了教师缺乏的问题，但是，对在职研究生的个性教育和专业指导水平也必然会降低。
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