1、在职研究生培养量化，科研理论素养较差。目前，我国大部分高校采用了集体培养、学生自主学习、导师负责相结合的在职研究生培养方式。集体培养主要集中在在职研究生必修的公共课、专业课和选修课方面。作为必修的英语、政治公共课，由于学生人数增多，其课程学习不能采用小班教学或者小组教学，通常是成自人在大教室里接受教师的‘瞒堂灌”师生之问、生生之问没有充分的讨论与交流，对提高在职研究生的理论素养作用不大，多数在职研究生英语水平在在职研究生阶段甚至出现了倒退的情况。由于师资力量短缺，高校开设的专业选修课门类较少，在职研究生专业课的选择权限也较小，不利于形成在职研究生多样化、个性化的知识结构;另外，专业课中的学生人数偏多，教师教学方法单一，考核不严格，使在职研究生在课堂中的收获甚微。可以说一定程度上，在职研究生教育又回归到了济济一堂的本科教学。
2、在职研究生导师指导不够，师生交流缺乏。我国的在职研究生培养实行单一的导师负责制，导师需对自己所带在职研究生进行全面指导，包括在职研究生选拔、选课指导、论文发表、开题报告、学位论文的撰写与审核等等，导师的责任比较明确。但是由于导师与在职研究生数量不协调，导师又有教学、科研、行政和社会职务的多重压力，他们在在职研究生培养方面投入的精力较少，使在职研究生经常陷入“放养”状态。另外，这种一对一的导师负责制，使在职研究生与导师的沟通只能局限于师徒之问，学术领域、知识视野都受到限制，不利于在职研究生跨学科、跨领域学术交流批判意识的产生和多种方法论的发展。
3、在职研究生培养经费缺乏，科研实践能力水平较低。我国的在职研究生教育长期以来依靠国家单一财政拨款，多渠道筹集资金的机制尚未健全。然而由于种种原因，有限的国家教育经费拨款多半用于培养本科生的计划，投入到在职研究生教学上的经费寥寥无儿，尚且有限的高校科研经费还存在使用效益低下的问题。高校的实验设备、图书资料、导师待遇以及在职研究生的调研、实验等方面的工作都受到限制。很多在职研究生由于缺乏经费只能囿于图书馆中做学问，脱离实际，频频出现抄袭等影响学校学术声誉和学术质量的恶劣行为。诸如此类的问题，在某种程度上也影响着在职研究生学习、科研的积极性和主动性。
当前，各高校的在职研究生导师课题经费偏少、在职研究生科研课题经费普遍缺乏，使得在职研究生参与科研锻炼的机会就较少，严重影响在职研究生科研实践能力和创新能力的培养。此外，由于我国在职研究生资助力度不大，许多在职研究生为了完成学业必须边工边读，沉重的生活压力使部分在职研究生或忙于兼职或忙于参加各种资格考试，根本无暇顾及专业课的学习以及从事相关的科研实践，这必将导致在职研究生专业基础理论基础不够扎实，更别提在职研究生对自己创新潜力的挖掘和科研素养、科研能力的养成了。
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