在中国，科研机构开展在职研究生教育与新中国在职研究生教育是同步发展起来的，科研机构参与了在职研究生教育事业发展的各个重要阶段。新中国最初的在职研究生教育的发端就是1951年中国科学院和教育部联合发布的十九五一年暑期招收研究实习员、在职研究生办法》;1978年，中国科学院和中国社会科学院又率先在中国建立了在职研究生院，成为中国恢复在职研究生教育制度后在职研究生教育的重要承担者。2005年，全国共有766个在职研究生培养单位，其中科研机构有316个，占全国培养单位总数的41.3%，而且从1997年以来的统计数据看，中国科研机构占在职研究生培养单位的比例一直高达在职研究生培养单位总数的四成以上。

中国科研机构从事在职研究生教育，与中国的科研体制的历史有着密切的关系。国家科技体制在世界上有分散式和集中式两种模式。新中国成立后，为了尽快发展科技事业，中国选择了以后者为主的科研体制，建立了中国科学院这样的国家大型综合科研机构，许多部委也建立了自己的专业性综合科研机构，这些科研机构在国家的科技体制中占有重要的地位。由科研机构开展在职研究生教育，这是建国之初国家培养急需的尖端科技人才所采取的措施。事实证明，这一举措是行之有效的。国家科研机构不但形成了学科门类比较齐全的科研布局，为中国科研事业的发展、社会的进步做出了突出贡献，而且在在职研究生教育中为国家培养了大量人才。1978年以来，仅中国科学院培养的博士和硕士在职研究生就达到5万多名。

与大学相比，中国科研机构的在职研究生教育有其独有的优势:首先，培养方式侧重在职研究生科学教育和科研能力的培养。由于科研机构木身的特点，科研机构的在职研究生有更多的机会参与科研活动，受到导师严格的科学研究训练，较早地进入学科前沿，因此培养的在职研究生表现出较高的研究能力和素质。其次，师资力量雄厚，师生比高。科研机构拥有一大批高水平的研究人员，这些研究人员中又有相当部分承担着培养在职研究生的工作。如中国科学院系统有4,500多名研究员，仅在岗博士生导师就有2,000多名，其中还有300多位中国科学院和中国工程院院士，但一年录取的各类在职研究生不过10,000名;中国社会科学院有博士生导师400余名，硕士生导师600余名，但每年的博士生招生名额只有240余名，硕士生招生名额180余名。其他科研机构的师生比也是类似的情况。师生比较高，使得科研机构的导师有条件对在职研究生进行更多时间的指导。第三，具备广泛的国际交流和合作。2004年，中国科学院有7,300多人次出访，接待了12,300余人次的来访，聘请国外名誉和客座教授430余人次，举办多边和双边国际学术研讨会274次，新签署的国际交流合作项目276项;中国社会科学院同样也有着广泛的学术交流，1978年以来的国际交流人次与清华大学处在同一水平。虽然这是整个科研机构而不是其在职研究生教育的国际交流与合作，但如此广泛而众多的国际合作与交流，超越了中国绝大多数大学的水平，为在职研究生教育的国际化发展提供了更多的条件与机会。

但是，中国科研机构的在职研究生教育也有其明显的劣势。最突出的问题就是培养规模普遍偏小，形不成规模效益。除中国科学院的在职研究生教育之外，中国科研机构的博士生和硕士生的年招生规模很少超过500名，而且大多数科研机构的在职研究生年招生规模都在200名以卜(见表二)。科研机构占全国在职研究生培养机构的比例，与科研机构在全国博士与硕士在职研究生的招生比例，形成了鲜明的对比(见表三)，科研机构占全国在职研究生培养单位的比例历年都在40%以上，但在全国博士生招生计划X00强”的培养单位中，科研机构仅占博士生招生比例的10.71%、硕士生招生比例的2.5%。

由于科研机构的在职研究生教育规模普遍较小，由此也带来了科研机构在职研究生教育的其他一系列问题。突出的问题是基础课的教学质量在规模较小的情况卜难以规范，也不够系统，在一个只有数十名在职研究生、又分为不同专业与研究方向的培养单位，要进行规范系统的在职研究生基础教育，可以说基木上不具备条件。由于规模过小，也使得绝大多数科研机构的在职研究生教育缺乏整体的校园文化环境，失去了在职研究生教育的学科综合优势，影响了在职研究生全而素质的培养，给科研机构在职研究生教育质量的进一步提高带来了一定的困难。而且，对于绝大多数科研机构而言，科学研究是其主体的工作，在职研究生教育处于附属地位，虽然科研单位也都在强调科研与人才培养的结合，但要从科研单位的运行管理机制上改变在职研究生教育的地位，涉及到科研机构内部的重大改变，绝不是轻而易举的事情。所有这一切都使得科研机构的在职研究生教育在国内外在职研究生教育的激烈竞争中处于不利地位。