1、教育管理理念的非专业化我国的工程硕士教育在人才培养的全过程中存在诸多不足:在培养目标、人才评价的标准上，趋同于工学硕士，缺乏相应的课程设置、应有的教育特色;在培养过程中，依然采用以培养学术型、科学研究型人才为主的教育管理方法，并未进行根本性变革;在质量评价手段上，存在片面、不健全等缺陷
2、教育管理人员的非专业化教育管理人员队伍素质低、年轻化且流动性强，能力不足、经验缺乏且对专业学位教育认识不够，这两点是目前工程硕士培养教育管理人员非专业化最突出的表现和不足。
3、教育管理制度的非专业化制度是实施质量保障的有效手段然而在目前工程硕士培养过程中，管理制度的缺失却是一个突出的问题:高校和企业之间职权、任务不明晰;招生、教学、论文环节的管理规范和准则简单套用工学硕士的模式;各组织部门之间的协调和配合不够等，都是工程硕士教育管理制度非专业化的表现
4、教育管理设备的非专业化工程硕士研究生教育采取在职学习、校企合作办学的培养模式这种培养模式在时空上受到一定限制，有别于工学硕士的培养开发管理网络系统，将工程硕士的入学登记、学期注册、成绩查询、答辩申请等工作纳入网络系统，不仅能在很大程度上克服时空不变的先天困难，同时也有利于统筹规划、强化校企合作，做到管理上真正的一体化但遗憾的是，目前这种专业的教学管理网络尚未形成。
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