论文环节是工程硕士培养过程的一个重要组成环节。论文水平是工程硕士在职研究生知识水平、工程素质和解决工程实际问题能力的综合体现。在工程硕士在职研究生教育培养过程中，论文环节与课程教学有着同等重要的地位。
根据《工程硕士专业学位设置方案》的规定，取得规定的学分，通过学位论文答辩，经学位授予单位学位委员会的批准才能授予工程硕士专业学位。工程硕士的论文写作时间一般要求要在一年以上。论文过程的质量保证主要有论文的选题、论文指导、中期检查论文答辩等环节的有效控制来实现。
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由于工程硕士在职研究生培养目标的不同，工程硕士论文的选题与传统的工学硕士论文相比工程硕士论文在内容和形式上有不同的特点。(1)根据《工程硕士专业学位设置方案》的规定，工程硕士专业学位的论文选题应来源于生产实际或具有明确的工程背景与实际价值，密切结合工程硕士所在单位面临的技术改造、革新、引进等技术难题和科研攻关项目等。(2)论文的内容可以是工厂项目策划、工程设计或技术改造、新工艺、新材料、新产品、新设备的研制与开发、或技术攻关研究专题。(3)工程硕士论文更突出论文的实际经济效益和社会效益。”
在论文环节中的质量保障过程中要注意一下几个方面:(1)严把选题关。在论文选题上，要立足于实际，不仅要紧密结合企业的实际需要，而且要根据学校和企业所能够提供的条件和学生自身的兴趣与能力。一般来说，工程硕士在职研究生的论文选题都来源于企业(特别是学员所在企业)急需解决的关键技术问题。这样，学生的论文工作不仅可以纳入企业的发展，在经费上得到保障，而且也与学生本人的实际工作相结合，做到解决实际技术问题与完成学位论文两不误，既解决了学生在工学矛盾上的冲突，保证了学习时间和论文质量，也提高了论文的实用性和应用价值。
(2)在论文研究阶段，加强管理和沟通，做好双导师对论文的协作指导工作。在论文指导上要充分发挥双导师的指导优势，加强校内外导师的合作，做到对工程硕士在职研究生教育管理的一体化。(3)严格论文的中期考核与检查。中期检查是工程硕士论文过程管理的重要环节，在中期检查是对论文的工作进度进行的阶段性检查，及时发现研究中的问题，及时地纠正。对下一步的工作计划和需要继续完成的研究内容进行论证。(4)严把论文的评阅和答辩环节。工程硕士论文的评阅和答辩是工程硕士学位论文质量的最终检验，答辩由3-5人组答辩小组，在答辩会上由学员负责汇报论文的主要内容、论文的研究成果、论文的创造性和预期的经济效益。教师进行提问，审查论文，提出需要修改和完善的问题。只有通过答辩者才能申请学位，答辩不通过者还要根据要求在企业继续研究进一步修改论文，提高论文质量，然后再进行答辩。(5)在论文的评价上，对工程硕士论文的评价不能照搬学位术学位论文的标准进行评价，培养单位应根据工程硕士在职研究生论文的要求制定相关的论文评价指标体系，对工程硕士论文进行评阅。在评价上侧重对论文选题的实用性，论文的经济效益和社会效益等方面的考核。(6)在学位授予方面，要严格评审，对于不符合要求的学生，坚决不授予学位，保证学位的质量和含金量。学位是工程硕士在职研究生在工程领域内的学术研究水平的集中体现和证明，也是衡量工程硕士毕业生质量的一个主要指标。
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