尽管全国优秀在职博士学位论文评价指标体系具有较大的合理性，较好体现了评价指标设计的依据和基本原则，但是，在实践操作中，还存在某些需要进一步完善的地方，以更好地提高评价的科学性与客观性。
首先，末级指标有待进一步细化，以提高评价的可操作性。虽然在职博士学位论文属于同行专家选优评价，具有较强的主观性，定性评价指标占绝大多数，但是，它并不意味着该指标是不可测的，应该在有关概念和内涵上进一步明确，细化成可测性较强的指标，以提高可操作性。而在现有的指标体系中某些作为末级指标的二级指标比较空泛、不具体，可测性还不够强。例如在人文社会科学类的评价指标体系中，“论文成果具有较大社会效益，对文化事业的发展、精神文明建设具有较大促进作用;论文成果具有较大实用价值、为政府宏观决策提出有战略价值的政策性建议”这一评价标准就显得比较含糊，不明确，因此可测性较差，还有待于进一步细化。
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其次，有些二级指标有待进一步完善，以提高指标的科学性。例如一级指标“论文体现的理论基础、专门知识及科学研究能力”虽然体现了《学位条例》对在职博士生培养的目标和基本要求，但是，在其下属的二级指标下，“论文体现作者独立从事科学研究的能力”与一级指标“论文成果的创新性与效益”的关系就非常密切，因为，论文作者具有独立从事科学研究的能力，才能使得论文成果具有创新性以及产生效益;同样，能够作出创新的效益较大的研究成果，其论文作者一定有较强的从事独立科研的能力，这两个指标之间的相关性非常大，因此，“独立从事科学研究的能力”这一指标更适合于评价创新性，作为具体的评价标准，把它放在一级指标“论文体现的理论基础、专门知识及科学研究”下面的二级指标则不太合适。
其三，评价的标准应该进一步加强可行性。人文社会科学类指标体系中提出的关于论文成果效益的评价标准“填补人文、社会科学理论研究空白，在本学科领域达到或接近国际先进水平或国内领先水平”，这一标准的要求过高，不符合人文、社会科学学科发展的实际，因此在可行性上还需进一步完善;再如自然科学指标体系中提出的创造性成果及效益的评价标准“在校期间在国际及国内重要刊物发表与论文有关的若干篇文章，被国际著名检索SCI,EI,ISTP收录;出版专著，获得较高奖励”，一方面是对SCE,EI等文章过分迷信，把其作为评价的重要依据，并不能真正科学、客观地反映在职博士学位论文的质量;另一方面，自然科学中理科与工科在学科上存在着某些差异，一个属于偏重理论性的学科，一个则属于偏重于应用性、实践性的学科，因此在获得奖项以及发表的高水平刊物上的机会并不完全等同，用同一获奖标准或文章发表标准来评价不同学科，也会产生问题，因此，适合于把这条评价标准进一步细化，以提高评价的可行性。
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